Название XIII—XIV веков, по монастырю.

Переулок назван по Богоявленскому монастырю.

Богоявленский – самый старый из московских монастырей был основан в 1296 году первым московским князем Даниилом Александровичем. Сначала обитель была деревянной. Иван Калита повелел возвести в монастыре каменный храм. Одним из первых игуменов монастыря был старший брат Сергия Радонежского Стефан.

В 20-е годы XX века монастырь был закрыт, часть его строений снесена. В его главном храме в разное время находились склад, общежитие, затем производственный цех.

В мае 1991 года собор возвращен Церкви.

В настоящее время собор и палаты XVIII—XIX веков, признанные памятниками архитектуры и находящиеся на государственной охране, реставрируются.

В 1930 году Богоявленский переулок был переименован в Блюхеровский в честь советского военачальника В.К. Блюхера (1890—1938) после того, как тот был репрессирован и расстрелян, назван Куйбышевским проездом по соседней улице Ильинке, переименованной к тому времени в улицу Куйбышева.