Название XIV—XV веков.
Переулок назван по урочищу Тлинищи и церкви Спаса Преображения.
Происхождение названия урочища Глинищи П.В. Сытин объясняет тем, что его дали «по обилию здесь в почве глины». Это не совсем точно. Почва здесь действительно глинистая, но слово «глинище» в древнерусском языке означает копь, яму, карьер, где добывают глину. Видимо, в этом карьере глина была особенно высокого качества, так как несмотря на то, что вокруг вся почва была глинистая, ее добыча производилась только здесь, и вокруг карьера тогда же возникла слобода.
Древняя церковь во имя Спаса Преображения была построена здесь в XV веке и называлась Святой Спас на Глинищах. В XVIII веке на ее месте встала новая каменная церковь, выстроенная, как полагают искусствоведы, по проекту выдающегося архитектора В.И. Баженова.
В конце XVIII века переулок назывался Спасским. Появление в Москве еще нескольких Спасских переулков в начале XIX века заставило присоединить к его названию указание на местность, издавна содержавшееся в названии церкви, и его стали называть Спасоглинищевским. Таким же образом и по той же причине появились составные московские названия, такие как Спасопесковский, Спасочигасовский, Спасоболвановский, Спасоналивковский переулки.
Церковь В.И. Баженова Спаса Преображения на Глинищах снесли в 1931 году, на ее месте в 1934 году построили жилой дом, который в одном архитектурном журнале тех лет характеризовался как «пример чрезвычайно непродуманного и халтурного решения». В 1962 году Большой Спасоглинищевский переулок был переименован в улицу Архипова. А.Е. Архипов (1862—1930) – художник-передвижник, преподаватель Московского училища живописи, ваяния и зодчества, жил в этом переулке в первые годы XX века.