Название начала XIX века.
Когда в 1924 году Протопоповский переулок был переименован в Безбожный – в честь издававшегося тогда атеистического журнала «Безбожник», то вызывающая кощунственность этого переименования возмутила москвичей. Местные жители старались по возможности не употреблять его, поэтому историческое название переулка сохранилось в памяти москвичей, пожалуй, более всех других переименованных московских улиц и переулков. Так, если в 1950– 1960-е годы прежнее название Знаменки, ставшей в 1925 году улицей Фрунзе, помнили только пожилые люди, то название Безбожный переулок даже мальчишки, жившие здесь, считали «ненастоящим». Такое же отношение к названию переулка было и у его новых обитателей. Поселившийся здесь Булат Окуджава писал:
И в мечте о невозможном,
Словно вижу наяву,
Что и сам я не в Безбожном,
А в Божественном живу.
А.А. Мартынов в своей книге «Названия московских улиц и переулков с историческими объяснениями» (1888 год) никак не разъясняет происхождение названия Протопоповский, говоря лишь, что оно относится к первой половине XIX века. До этого времени переулок назывался Аптекарским, так как проходил вдоль аптекарского огорода, устроенного по указу Петра I в 1706 году для выращивания лекарственных растений. (В 1805 году огород был передан Московскому университету, и с тех пор здесь находится Ботанический сад МГУ.)
В 20-е годы XX столетия П.В. Сытин высказал мнение, что название Протопоповский произошло от фамилии домовладельца.
Этим домовладельцем, вероятнее всего, был священник храма Живоначальной Троицы на Пятницком кладбище Ф.С. Протопопов. Судя по фамилии, он происходил из духовного сословия. На южной стене храма снаружи церкви сохранилась надгробная доска: «Священник Федор Симеонович Протопопов, тщанием которого сооружен сей храм и сделаны все другие улучшения на кладбище. 1792—1845. Священствовал 30 лет».
Протопопов начал свое служение в церкви на Пятницком кладбище вскоре после наполеоновского нашествия и всеобщего разорения. Деревянный храм, построенный в 1772 году, к тому времени обветшал, и, естественно, первой заботой священника стало строительство нового. В 1830 году была заложена и в 1835 году освящена новая церковь, построенная по проекту архитектора А.Г. Григорьева и являющаяся замечательным памятником московского ампира.