Название XVII века.

Переулок назван по церкви Рождества Иоанна Предтечи.

Первоначальный деревянный храм Рождества Иоанна Предтечи, что за Пресней, был поставлен во второй половине XVII века, каменный – в 1730—1734 годах, в XIX веке построены колокольня и трапезная. Храм в советское время не закрывался, поэтому сохранил внутреннее убранство: иконы XVI—XVII веков, в том числе храмовую икону «Рождество Иоанна Предтечи», написанную в 1686 году мастером Оружейной палаты (то есть царским иконописцем) Ефимом Ивановым.

Большой Предтеченский переулок в 1922 году был переименован в Большевистскую улицу, в нем в 1918 году находился Краснопресненский райком большевистской партии.