XVI век стал свидетелем смены династии Ваттасидов (бану Ваттас) новой династией, бану Саад. При ней страна восстановила единство, снизила угрозу нападений испанцев и португальцев, держала на расстоянии турок, установила протекторат над прежней империей Сонгай и приобрела определенное положение в международном сообществе.
Агрессия португальцев достигла высшей точки в первые два десятилетия XVI века. К этому времени они уже заняли почти все порты, за исключением разве что Сале — от Сеуты на севере до Массы, что к югу от Агадира, и установили протекторат над областью Дуккала. Пока Ваттасиды неэффективно боролись с ними на севере, лидерство на юге захватили члены бану Саад, династии, утверждавшей, что ведет свой род от пророка. Она обосновалась на крайнем юге — в Загоре. Между 1511 и 1517 годами два брата, принадлежавшие к этой семье, — аль-Арадж и Мухаммед аш-Шейх — отличились в борьбе против португальцев в Агадире, которая была одновременно священной войной и национальным восстанием. Они имели одобрение суверена Ваттасидов из Феса, авторитет которого, несмотря на ослабление династии, был все еще высок на юге.
Сначала Саадиты действовали только на юге от Атласских гор, вокруг Таруданта, но впоследствии продвинулись в северном направлении между Марракешем и Могадором. С 1518 года, когда важный марокканский деятель, поддерживавший португальцев, — Ибн Тафуфт — был убит, влияние Саадитов резко возросло, и старший из братьев, аль-Арадж, сверг местного правителя Марракеша из Ваттасидов и занял его место, не разрывая связей с султаном из Ваттасидов из Феса. Его брат Мухаммед остался правителем Таруданта. К 1528 году их растущая власть и связи, которые они энергично устанавливали с влиятельными религиозными лидерами, мурабитами, в разных частях страны, привели к нападению на них Ваттасидов. После ничего не решивших военных действий при посредстве религиозных лидеров было заключено перемирие. Но теперь страна была разделена на два отдельных государства, Марракеш (Марокко) и Фес. Двенадцать лет перемирия Мухаммед и его брат использовали для борьбы с португальцами. В 1541 году Мухаммед захватил Агадир, в результате чего португальцы покинули свой протекторат, отказавшись от Сафи и Аземмура. На юге в их руках оставался только Мазаган — из соображений престижа, а также как база для возможного возвращения. Соперничество между двумя братьями привело к бегству аль-Араджа в Тафилальт, а Мухаммед аш-Шейх возобновил войну с Ваттасидами, объявил себя вассалом османского султана. Последние обратились за помощью к туркам, которые к этому времени утвердились в Алжире. Османы отправили посла к Мухаммеду аш-Шейху с требованием, чтобы он поступил так же. Он наотрез отказался и двинулся на Фес. После неудачной попытки в 1548 году он взял город в 1549 году. Затем армия под командованием его сына выступила на Тлемсен, заняла город и изгнала правителя из Зайанидов. Хотя Зайанид являлся протеже испанцев в Оране, последние не вмешались и позволили марокканскому принцу, действуя против воли отца, начать наступление на Алжир и напасть на турок. Результатом стала контратака турок, которые в 1552 году вернули Тлемсен, а в 1554 году — Фес, где Ваттасид Абу Хасун был возвращен на трон. Эта реставрация, однако, оказалась недолговечной. Последний откупился от турок и отдал им Пеьон-де-Веллес (Бадис), который марокканцы отобрали у испанцев в 1522 году. В сентябре 1554 года Абу Хасун потерпел поражение и был убит в сражении в Тадле, а Мухаммед аш-Шейх стал неоспариваемым правителем Марокко. Хотя он тоже был убит тремя годами позже турецким эмиссаром, его наследником стал Абдаллах аль-Галиб Биллах. После его восхождения на трон имело место бегство двух братьев и потенциальных противников нового правителя, Абд аль-Малика и Ахмада, в Константинополь, где они во время семнадцатилетней ссылки получили турецкое образование и мировоззрение. Абдаллах (1557–1574) укрепил свое положение в стране и дал начало периоду относительного мира и процветания, одновременно давая отпор попыткам турок вторгнуться со стороны Алжира. В этом ему потребовалась помощь испанцев, которые занимали марокканскую территорию к востоку от Велеса по соглашению 1496 года с португальцами и одновременно являлись злейшими врагами турок. Как благочестивый
мусульманин, султан был обеспокоен восстанием морисков в 1569 году. Было невозможно поддержать его, поскольку у него не было военно-морских сил, а обратившись к туркам, он бы сделал Марокко подчиненной им территорией — как и остальной Магриб. Кроме того, он вызвал бы недовольство испанцев. Он мог только не замечать контрабанду оружия и волонтеров и использовать беженцев как рекрутов в свои вооруженные силы. На самом деле беженцы-мориски стали главным военным активом режима. Но этот элемент компромисса с гонителями мусульман спровоцировал негодование многих религиозных лидеров и укрепил их влияние в регионе Среднего Атласа, где эффект станет ощутимым спустя полвека.
После смерти Абдаллаха наследником стал его сын Мухаммед аль-Мутаваккиль (1574–1576). Сменой правителя воспользовались его ссыльные дяди в Константинополе, чтобы вернуть свое положение с помощью турецких связей. В 1576 году Абд аль-Малик, который помогал туркам в захвате Туниса у испанцев двумя годами раньше, с помощью турецких войск вытеснил аль-Мутаваккиля из Феса. Поддержка Абд аль-Малика турками вовсе не подразумевала его поддержки турецких притязаний на Марокко. Его короткое двухлетнее правление завершилось победой над португальцами в сражении при Альказарквивире в августе 1578 года. Сражение произошло после того, как свергнутый султан убедил португальского короля Себастьяна восстановить его на троне в обмен на обещание стать его вассалом. Себастьян, которому в ту пору было 24 года, был исполнен романтических идей о славе крестоносца и возрождении позиций Португалии в Марокко. Он высадил португальских солдат и германских наемников, а также контингент папских войск под командованием англичанина Томаса Стакли в Асиле, которая была возвращена марокканцам в 1550 году, но теперь контролировалась сторонниками ссыльного султана. Себастьян сразу выступил на Лараш — посреди жаркого лета, не имея контакта со своим флотом, обремененный большим обозом. В сражении все португальцы были разгромлены и уничтожены. Марокканцы стали обладателями большой добычи, а впоследствии и крупного выкупа за пленных. Уже тяжелобольной Абд аль-Малик умер своей смертью во время сражения, а король Себастьян и свергнутый Мухаммед аль-Мутаваккиль были убиты. По этой причине сражение иногда называют Битвой трех королей. Эта война, катастрофическая для Португалии, где в результате корона перешла к Филиппу II Испанскому, стала началом периода пышности и великолепия для Марокко, где новым правителем прямо на поле боя был провозглашен его брат Ахмад, получивший почетный титул аль-Мансур — победитель (1578–1603).
К этому времени борьба между Испанией и Турцией зашла в тупик. Ни одна из сторон не обладала энергией предшествующих лет. Таким образом, Марокко не только не пострадало от испанского избавления от соглашения с португальцами, которое не позволяло им оккупировать марокканскую территорию, но даже смогло вернуть Лараш, играя на страхе Филиппа перед союзом марокканцев с врагами Испании, Англией и Голландией. Не имея возможности вести экспансию на восток из-за силы турок, Ахмад аль-Мансур вынашивал мечты об использовании государств христиан-протестантов, чтобы помочь ему восстановить мусульманское правление в Испании. В отношениях с ними он достиг самых впечатляющих успехов в коммерческой области — Англия покупала большое количество марокканского сахара, который выращивали в долине Сус. Потребность Англии в селитре, которую Марокко могло удовлетворить, обеспечила стране обратный поток леса для судостроения, хотя такой обмен приходилось держать в секрете, учитываю холодную войну между исламским миром и христианами, делавшую торговлю материалами, которые могли быть использованы для военных целей, неприемлемой для общественного мнения обеих сторон. Но хотя английская королева Елизавета была заинтересована в марокканской помощи в ослаблении Испании путем замены Филиппа другим претендентом на португальский трон, она вовсе не собиралась облегчать марокканскую высадку на юге Испании, к которой стремился Ахмад аль-Мансур. За год до испанской армады она отвергла его предложение дать ему 100 английских судов для перевозки его и армии на юг Испании, за что он заплатит 150.000 дукатов, как только они прибудут в марокканский порт. Остановленный на севере и востоке, марокканский правитель двинулся на юг. После успешной экспедиции в Гурару и Туат в центральной части Сахары в 1581 году он направил ультиматум правителю Сонгая (что на реке Нигер) Аскии, требуя дань за торговлю солью. Она бы позволила Марокко продолжать священную войну. Получив отказ, он отправил экспедицию через Сахару на Нигер. Марокканские силы состояли из 2500 аркебузиров — в основном морисков из Испании, из которых было 500 конников, а также 1500 арабов-копьеносцев, и корпуса «первопроходцев» с 8000 верблюдов и 1000 вьючных лошадей. Командир, известный как Джавдар-паша, был выходцем из окрестностей Гранады. Путешествие по пустыне, через Тиндуф и Таоденни, заняло пять месяцев. Потери составили половину армии. 13 марта 1591 года силы Аскии были разгромлены. Основную роль в победе марокканцев сыграло наличие у них стрелкового оружия. Эта победа, результатом которой стало установление марокканского протектората на Нигере на большую часть столетия, еще больше укрепила репутацию Ахмада аль-Мансура и дала ему не только богатую добычу и рабов, но также контроль над торговлей золотом из Западной Африки. Благодаря последнему он получил еще один титул — ад-Дахаби — Золотой.
Южане по происхождению, Саадиты устроили свою столицу в Марракеше, частично вернув городу великолепие, которым он мог похвастать при Альмохадах. Они обогатили его архитектуру, построив медресе Ибн Юсуфа и гробницы Саадитов, которые можно видеть и в наши дни, и знаменитый дворец Эль-Бади (Несравненный), разрушенный правителем следующей династии.
Обнадеженный сахарским успехом, Ахмад аль-Мансур в 1601 году снова обратился к королеве Елизавете с предложением вторгнуться в Испанию. На этот раз королева предложила вместо этого помочь Англии в нападениях на испанские владения в Америке. Ахмад аль-Мансур воодушевился перспективой создать новое исламское королевство за Атлантикой, но потребовал заключения соглашения с указанием выгод, которые получит Марокко. Двумя годами позже, прежде чем соглашение было достигнуто, правления и Золотого султана, и королевы-девственницы были прерваны смертью.
В Марокко после смерти Ахмада аль-Мансура воцарилась анархия. Его сыновья стали сражаться между собой за трон. Разные религиозные персонажи пользовались беспорядками, чтобы продвинуть свои учения и осуществить личные амбиции. За полвека беспорядков страна снова разделилась на Фес и Марракеш, а в Сусе и Тафилальте обосновались мелкие правители. Из трех сыновей аль-Мансура один, Зайдан, стал править в Фесе, другой, Абуль-Фарис, в Марракеше, а третий, Мухаммед аш-Шейх аль-Мамун, некогда считавшийся наследником, но опозоривший себя скандальным поведением и попавший в тюрьму, был освобожден и отправлен Абуль-Фарисом изгнать Зайдана из Феса. С задачей он справился весьма успешно, но после этого объявил себя султаном. Зайдан сначала бежал к туркам, но вскоре вернулся в Марокко и захватил Марракеш, откуда его изгнал племянник Абдаллах, сын аль-Мамуна. Впоследствии он также завоевал Фес, в то время как аль-Мамун бежал в Испанию. В 1610 году аль-Мамун вернулся, заручившись помощью испанцев, за которую обещал уступить Лараш испанскому королю. Таким образом, он утвердился на севере и правил там, пока не был убит в 1613 году, возможно из-за сдачи Лараша. В Фесе правили его потомки до оккупации города мурабитами в 1641 году. Зайдан, которого за границей считали законным правителем, правил с 1610 года до своей смерти в 1628 году, а с 1611 до 1614 года власть узурпировал мурабит Абу Махалли. Наследники Зайдана продолжали править в Марракеше до смерти его внука аль-Аббаса в 1659 году. Затем наступил период анархии, продолжавшийся до захвата города Мулеем ар-Рашидом в 1669 году, который стал концом династии Саадитов.
Во время этих войн капитан Джон Смит, впоследствии ставший губернатором Вирджинии, предложил свою службу Мулею Зайдану в Марракеше, но довольно быстро покинул ее, заявив, что это не война, а вероломные, предательские и кровавые убийства. В этот период действительно было больше позора, чем славы. Среди всеобщей неразберихи появилось несколько новых претендентов на власть. В основном это были религиозные лидеры (воинственные суфии), которых называли мурабитами. Главными из них были члены суфийского братства Дила, что недалеко от Хенифры, на Среднем Атласе, которые контролировали Фес и всю страну до Рабата с 1641 года до их подавления Мулеем Рашидом в 1688 году. Другой мурабит, аль-Айаши, несколько лет господствовал на равнине к северу от Рабата, нападая на испанцев в Лараше и Аль-Мамуре. На юге еще три мурабита боролись против последних Саадитов или друг с другом. Другим элементом, добившимся временной независимости, была маленькая республика на реке Бу-Регрег в Рабате. Ее образовали мориски из Испании, прибывшие в 1610 году. Они попытались поддерживать свое существование морской торговлей и каперством. Их называли «Пираты Сале». В 1626–1628 годах они договорились с английским королем, но договоренность оказалась недолговечной, и, очевидно, не по их вине. Их короткая независимость закончилась в 1641 году.