В свежем виде навоз не используют, так как он очень агрессивен по отношению к растениям.
Чтобы экскременты не накапливались внутри кроличьих клеток и падали вниз, можно сделать пол решетчатым или оборудовать его специальными прорезями.
Для сбора навоза под клетками размещают поддоны. Если количество кроличьих клеток велико, поддоны оборудуют желобами, с которых навоз собирается в одну тару.
Если вместе с фекалиями в поддоны падают корма и сено, то не стоит их удалять и использовать повторно.
Фекалии убирают каждый день, после этого клетки тщательно очищают. Эти меры необходимы для поддержания необходимого санитарного состояния помещения.
Навоз хранят в сухом виде, ограничивая доступ прямого солнечного света. Кроличий навоз можно использовать для приготовления компоста. Для этого его укладывают в ящики или яму, чередуя с опилками, силосом, пищевыми отходами, остатками растений.
Нельзя допускать пересыхания навоза или компостной кучи. Однако, если это все-таки случилось, из сухого навоза можно приготовить жидкую подкормку для растений.
На крупных фермах навоз подвергают ферментации, а затем отправляют на продажу растениеводческим предприятиям и фермерам.

В экскрементах кроликов содержится большое количество органических веществ. Животные дольше переваривают пищу, в том числе за счет ночной копрофагии. Также кроличий навоз более влажный, вода в его составе занимает 50–60 %.
Химический состав навоза: азот, калий, кальций, магний, железо, фосфор, марганец, вода.
После перепревания и понижения влажности до 30–40 % содержание органических веществ в кроличьем навозе уменьшается.
Активно процессы гниения и прения идут только внутри навозной или компостной кучи. Часть жидкости впитывается в землю, поэтому для получения перегноя или компоста кучу регулярно увлажняют и периодически перелопачивают.
По окончании процесса перегнивания из кроличьего навоза получается отличное комплексное удобрение для тяжелых глинистых почв, которое не только улучшает их структуру, но и питает растения.
Из кроличьего навоза в сочетании с листьями и другими растительными остатками изготавливают компост, который подходит для выращивания шампиньонов.
Одна взрослая особь дает в год до 100 кг навоза.