«…Тружахуся постом и молитвами купно же и ручным делом, иногда же землю копаху мотыгами, иногда же древеса на устои монастыря заготовляху и воду от моря черпаху, и даяху торженникам на куплю, и взимаху от них всяко орудия на потребу монастырскую, и во прочих делах тружахуся и рыбную ловитву творяху и тако от своих потов и трудов кормяхуся…» – так описывает летописец жизнь насельников Соловецкого монастыря. По Описи 1549 года во владении монастыря перечислены три скромные деревянные церкви, скотный двор, три соляных варницы, три водяные мельницы, двенадцать рыболовных судов и незначительное количество земельных и водных угодий на островах и на материке. Мы видим яркий контраст между «бывшим» монастырём и монастырём, управляемым Филиппом Колычевым. Благоустройство монастыря тоже не могло воплотиться без покровительства Ивана Грозного.
И видимо, только с прибытием св. Филиппа в Москву и с получением митрополичьего сана, у митрополита и царя возникают непростые отношения. Вероятно, на них имели влияние интриги московских бояр, проводивших в царском окружении западную идеологическую линию.
Первоначально, по перенесении мощей святителя Филиппа в Москву, была построена деревянная церковь в 1652 году. Место, где был построен храм святителя Филиппа, находилось на землях, принадлежащих Троице-Сергиеву монастырю. В церкви служили до 1689 года, и когда она обветшала, ее разобрали, и в 1691 году выстроили каменную. Придел Алексия, Человека Божия был освящен в 1710 году. В 1750 году настоятель Иоанн Федоров с прихожанами просили о перестройке придела преподобного Алексия.
Святитель Филипп, митрополит Московский, икона из центрального иконостаса