В 1546 году в Новгороде Великом архиепископ Феодосий посвятил Филиппа во игумена Соловецкой обители. Новопоставленный игумен старался всеми силами поднять духовное значение обители и ее основателей – преподобных Савватия и Зосимы Соловецких (память 27 сентября, 17 апреля). Он разыскал образ Божией Матери Одигитрии, принесенный на остров первоначальником Соловецким, преподобным Савватием, обрел каменный крест, стоявший когда-то перед келлией преподобного. Были найдены Псалтирь, принадлежавшая преподобному Зосиме († 1478), первому игумену Соловецкому, и ризы его, в которые с тех пор облачались игумены при службе в дни памяти чудотворца. Обитель духовно возрождалась. Для упорядочения жизни в монастыре был принят новый устав. Святой Филипп построил на Соловках два величественных храма – трапезный храм Успения Божией Матери, освященный в 1557 году, и Преображения Господня. Игумен сам работал как простой строитель, помогая класть стены Преображенского собора. Под северной папертью его он ископал себе могилу, рядом с могилой своего наставника, старца Ионы. Духовная жизнь в эти годы процветает в обители: учениками святого игумена Филиппа были и при нем подвизались среди братии преподобные Иоанн и Лонгин Яренгские (память 3 июля), Вассиан и Иона Пертоминские (память 12 июня).

^{Обитель преподобных Зосимы и Савватия, Соловецких Чудотворцев. Книжная миниатюра XVIII в.}