Германское вторжение в 1941 году породило массовую эвакуацию. За первый год войны это полтора миллиона железнодорожных вагонов, которыми вывезено 1523 промышленных предприятия, и почти 17 миллионов человек, перемещённых с запада на восток. Среди эвакуированных было и почти 800 отделений и контор Госбанка СССР.

Советским банкирам в условиях эвакуации пришлось не только спасать денежные ценности, но и восстанавливать всю систему финансовых расчётов эвакуированных предприятий. В условиях потери связи, перемещения на тысячи километров и утраты финансовых документов это было нетривиальной задачей. К февралю 1942 года Госбанк СССР, разослав по всей стране «специальных уполномоченных Госбанка» с особыми правами, сумел восстановить систему безналичных расчётов, успешно работавшую до конца войны.

В осаждённом Ленинграде Государственный банк работал всю блокаду. 10 ноября 1941 года немецкая авиация произвела целенаправленный налёт на его главное здание. Под бомбами погибла часть сотрудников и архивов. В январе 1942 года ленинградский Госбанк функционировал всего в нескольких кабинетах, отапливавшихся буржуйками, на которых отогревали замерзавшие чернила. Но банковское обслуживание предприятий и организаций города прерывалось только во время обстрелов и налётов.

Согласно инструкции, каждый работник банка имел при себе специальный мешок, в который складывались деньги и документы, с которыми сотрудник работал до воздушной тревоги, чтобы только вместе с ними уйти в бомбоубежище. В первую блокадную зиму автомашин в ленинградском Госбанке не было, и инкассацию денег проводили по всему городу вручную, перевозя их на санках.

В Сталинграде областное управление Госбанка попало в зону боевых действий в 1942 году. Работавшая там в годы войны бухгалтером Мария Двинских вспоминала:

Когда весь аппарат счётных работников уходил на строительство баррикад, мне вменялось в обязанность ещё с одним бухгалтером и кассиром обслуживать всех клиентов. Работали до двенадцати часов ночи без перерывов. Однажды, уже поздно вечером, при объявлении очередной воздушной тревоги к нам в отдел поднялся управляющий и предложил спуститься в бомбоубежище. Уйти без учётного материала мы не имели права, а вдвоём снести в подвал тридцать ящиков картотек с лицевыми счетами было невозможно. Мы отказались от бомбоубежища и попросили разрешения остаться на рабочем месте…

К осени 1942 года в действующую армию ушёл почти весь мужской персонал сталинградского Госбанка, а сформированная в городе полевая касса работала даже тогда, когда центр Сталинграда стал линией фронта. Под бомбёжкой, эвакуируя за Волгу сотни миллионов рублей, погиб управляющий областным Госбанком Александр Горбунов.

Сталинградская битва завершилась победой в феврале 1943 года, и уже в марте в одном из сохранившихся подвалов полностью разрушенного города возобновила работу контора Государственного банка СССР. Ещё 26 декабря 1941 года, после первых успехов контрнаступления под Москвой, вышло распоряжение советского правительства: «Обязать правление Госбанка СССР в районах, освобождённых от оккупантов, возобновить кредитование торгующих организаций…»

Инкассатор Госбанка Анатолий Мешков уже после войны вспоминал, как в начале 1943 года из-за разрушения всех коммуникаций и отсутствия пассажирского движения по железнодорожной дороге ему потребовался почти месяц, чтобы доставить три мешка с наличными деньгами из Москвы в освобождённый Урюпинск: «Ночью погрузились в попутный товарняк и только через день доехали до Елани. Дальнейший путь до Урюпинска через Балашов длился больше недели. Пришлось делать самодельные сани, добираться до станции и снова ехать в холодном товарном вагоне…»

Когда началось освобождение оккупированных территорий на западе страны, работники отделений Госбанка из тыловых районов СССР массово направлялись в разорённые города Украины и Белоруссии: возрождение мирной жизни было невозможно без восстановления системы денежных расчётов. К 1 января 1945 года число местных учреждений Госбанка даже превысило довоенный уровень.

Война навсегда изменила и пол основного банковского сотрудника. До 1941 года свыше половины всех бухгалтеров, банковских и финансовых работников СССР составляли мужчины. После всех мобилизаций и потерь войны к 1945 году работники мужского пола составляли лишь пятую часть бухгалтеров и банкиров. С тех пор и по настоящее время бухгалтерия и касса стали едва ли не полностью женским царством.