Юрий Лисянский ещё несколько лет служил в российском флоте. Довелось ему в 1807–1808 годах командовать линейным кораблём «Зачатие Святой Анны» и корветом «Эмгейтен», участвовал в боевых столкновениях с британскими и шведскими кораблями. С 1808 года он командовал отрядом «личных яхт Его Императорского Величества» из девяти судов.

В 1809 году, после завоевания Финляндии, Юрий Фёдорович был уволен в отставку по прошению с чином капитана 1-го ранга.

Одной из причин столь ранней отставки стал отказ военного ведомства профинансировать издание путевых записок Лисянского. На собственные средства капитан опубликовал на основе своих записей книгу «Путешествие вокруг света» в 1812 году (два тома и атлас карт и рисунков). Российская читающая публика встретила книгу без энтузиазма, а вот английское издание получило похвальные отзывы публики и было распродано в считанные месяцы двумя годами позже.

В 1807 году Лисянский женился на Шарлотте Карловне Жандр (урождённой Брюнольд), вдове петербургского чиновника. Семья жила большей частью в имении Кобрино под Гатчиной. Лисянские воспитали шестерых детей, один из которых Платон (1820–1900), в отличие от отца, дослужился до полного адмирала.

Юрий Лисянский умер 6 марта 1837 года ^и был похоронен в «Некрополе мастеров искусств» на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры, неподалёку от Карамзина и Гнедича. Надпись на его надгробии гласит: «Флота Капитанъ 1-го ранга/ ЮРIЙ ФЕДОРОВИЧЪ ЛИСЯНСКIЙ / Командовавшiй кораблемъ НЕВА во время первого путешествiя / Русскихъ вокругъ света съ 1803 по 1806 годъ».

С другой стороны выбиты такие строки:

Памятник Лисянскому стоит на его малой родине в Нежине, а его имя украшает острова в Тихом океане. Помнят его и на Аляске, стенд в его честь есть в музее Ситки (Ново-Архангельска), который экипаж «Невы» очистил от индейцев. И при всём при этом в герои Украины Лисянский не принят. Ведь не Железняк с Гонтой и не атаман Семесенко, чтобы встать в стройные ряды прославленных погромщиков.