Практика борьбы с эпидемиями в Московском царстве выросла, по всей вероятности, из обычных практик, существовавших в Средневековье. Тексты летописей, повествующие о масштабных бедствиях — голоде и море, — преимущественно носят эсхатологическую окраску. В них содержится мотив Божьего наказания за грехи ныне живущих и необходимого покаяния как средства избавления от беды. Во всех летописных текстах этого рода содержатся указания на массовую смертность: именно она является признаком бедствия. Нет сомнения в том, что использовались и иные, кроме молитвы и покаяния, способы борьбы с эпидемиями. Представления о том, что болезнь может передаваться через контакты людей друг с другом, а также вместе с движением документов, были еще в средневековой Руси (впрочем, не следует считать, что в этом отношении Русь серьезно отличалась от других частей света, от Европы и Азии).

Появившиеся с приходом на Северо-Запад Руси московской власти массовые источники поначалу, в первой половине XVI в., бедны сведениями о том, как вела себя власть в случае «морового поветрия». Но из посланий известного старца Филофея наглядно ясно, что власть боролась с эпидемиями путем ограничений на передвижение и массовыми захоронениями умерших в отдаленных от городов местах уже в начале XVI в. Представления о том, что лучшими средствами борьбы с распространением заразы являются карантины и огонь, создали к концу XVI в. хорошо отработанную систему ограничения передвижения людей и бумаг, исполнявшуюся властями. Документы этого периода очень четко обозначают цель таких ограничений: не допустить урона особе государя и войску. Прагматика московских документов здесь достаточно четко контрастирует с эсхатологией летописных текстов.

Впрочем, прагматика XVI–XVII вв. основана на рациональности. Карантинные мероприятия против распространения эпидемий находят ближайшее подобие в таких же карантинах, которым подвергались те, кто возвращался в Московское царство из Европы: их помещали на время в монастырь, дабы там они «очистились» от «латинства» или «люторства» (Толстиков, 2017,151).

Исполнение карантинных практик осуществлялось военно-полицейскими операциями, которые вызывали неприятие местных жителей, чрезвычайно активно привлекавшихся к карантинным мерам в качестве исполнителей. Источником информации для принятия решений служили «вести», то есть устные сообщения. Добывать их следовало местным властям. Однако принятие решений об установлении или снятии карантина происходило только в Москве; со временем такая централизация и отказ от ответственности только усиливались.