Одновременно с Преображенским было основано в Москве Рогожское кладбище. Как и Преображенское кладбище, эта земля также была отведена для погребения умерших во время чумы 1771 г. московских старообрядцев, но только приемлющих священство, когда были закрыты прежние места старообрядческих погребений. Новое место представляло собой поле, находившееся справа от Владимирской дороги. С тех пор за Рогожской заставой стали хоронить священников, попечителей и прихожан московских старообрядческих общин поповцев. С разрешения императрицы Екатерины II здесь были выстроены один за другим два старообрядческих храма (летний и зимний), богаделенный дом, и постепенно образовался целый поселок, огороженный высоким забором. Население его составляли старообрядцы, приемлющие священство, среди которых было немало богатых промышленников и купцов. Богослужение в рогожских храмах совершалось священниками, перешедшими в старообрядчество из господствующей церкви.
В царствования Екатерины II и Александра I власти проявляли равнодушие к религиозной жизни старообрядчества. До 1823 г. в некоторых правительственных учреждениях (в московской духовной консистории, канцеляриях Министерства внутренних дел и московского генерал-губернатора) не было официальных сведений о Рогожском кладбище, существовавшем уже полстолетия, хотя о нем, разумеется, всем было известно.
Со времени восшествия на престол Николая I для старообрядцев вновь наступили тяжелые времена. В ноябре 1827 г. императорским указом было строго воспрещено принимать для службы в храм Рогожского кладбища новых священников, а с 1834 г. священникам из других мест было запрещено не только служить, но даже появляться на Рогожском кладбище. Этими и многими другими запрещениями (переезжать с места на место, ремонтировать храмовые постройки и пр.) правительство стремилось к полной ликвидации старообрядчества. Репрессии побудили старообрядцев искать возможность учредить архиерейскую кафедру за границей. Большую часть расходов по поискам святителя взяли на себя прихожане Рогожского кладбища купцы Рахмановы. После учреждения в 1846 г. белокриницкой иерархии преемник митрополита Амвросия, митрополит Кирилл, поставил в 1853 г. во Владимир архиепископа Антония, который впоследствии стал первым архиепископом Московским и всея России и с 1862 г. имел резиденцию на Рогожском кладбище.
К старообрядческой иерархии русское правительство отнеслось крайне враждебно. Гонения на старообрядчество, в частности правительственное распоряжение, по которому старообрядцам с 1855 г. запрещалось записываться в купеческое сословие (что влекло за собой выполнение рекрутчины и лишение сословных привилегий), вынуждали некоторых старообрядцев изменять старой вере и переходить в единоверие.
В 1854 г. в единоверие перешел кладбищенский священник Петр Русанов. В скором времени за ним последовали некоторые из прихожан во главе с Сапелкиным, Аласиным и другими. Воспользовавшись этим, власти насильно, «без всякой церемонии» отобрали у старообрядцев Никольский храм, а 23 сентября 1855 г. митрополит Московский Филарет (Дроздов) «освятил» его как единоверческую церковь под тем предлогом, что отступники якобы имеют право на часть кладбища. Отступившие в единоверие слали донос за доносом о том, что на кладбище водворились и тайно служат попы «австрийского поставления». По настоянию Филарета казенный смотритель кладбища совсем запретил старообрядцам совершать в часовнях богослужение. Хотя это запрещение было вскоре отменено, 7 июля 1856 г., из-за домогательств Филарета, правительство запечатало алтари летнего и зимнего храмов Рогожского кладбища. Никакие хлопоты старообрядцев не помогали. Более того, и после официального удостоверения ложности доносов особой комиссией в 1880 г. алтари по настоянию обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева оставались запечатанными. Они были распечатаны лишь после императорского указа от 17 апреля 1905 г. «Об укреплении начал веротерпимости».
В честь этого события, пришедшегося на празднование Пасхи, старообрядческое духовенство и прихожане со всей России до сих пор ежегодно совершают крестный ход в Неделю святых Жен-мироносиц (второе воскресенье после Пасхи). В память распечатания алтарей в 1912–1913 гг. была воздвигнута и одна из красивейших московских колоколен с храмом во имя Воскресения Христова.
Первая архиерейская служба, которую совершил вернувшийся из ссылки архиепископ Московский Иоанн (Картушин), прошла лишь через полгода — 22 октября 1905 г. Первый разрешенный колокольный звон на Рогожском был слышен 27 июля 1905 г. В это время вокруг храмов началось активное строительство. Ф. Е. Морозова в память о своем сыне Сергее Ивановиче построила трехэтажное здание для больницы, которое использовалось и как дом причта Рогожских храмов. В нем же, на верхнем этаже, помещались келия и покои архиепископа Иоанна. Было построено и еще несколько каменных жилых зданий, а к 1911 г. — здание для Московского старообрядческого института.
Ныне большинство исторических зданий старообрядческого поселка разрушено, в руинах стоит упоминавшееся строение Ф. Е. Морозовой, храм во имя Рожества Христова используется под склад мастерских музеев Московского Кремля и требует реставрации, сохранившиеся дома нуждаются в капитальном ремонте. Здание, где сейчас расположена Митрополия Русской православной старообрядческой церкви, в 1910-х гг. именовалось «гробница при храмах Рогожского кладбища», или попросту «мертвецкая часовня». Оно было перестроено в 1952 г., но до сих пор сохраняет признаки погребальной часовни.
В 1995 г. правительство Москвы приняло решение о создании архитектурного заповедника на месте Рогожского кладбища и о поэтапной передаче исторических владений в пользование Русской православной старообрядческой церкви.