В мае 1939 года Джонс получает обычное на первый взгляд задание: показать посетителю, мистеру Смиту, рогатую статуэтку из коллекции Барнетт-колледжа. Но, увидев любопытную вещицу, мистер Смит выхватывает пистолет, наводит его на Индиану и убегает со статуэткой. Оказывается, что под именем Смита скрывался нацистский агент Клаус Кернер, который продолжал раскопки на том же участке в Исландии, где ранее работали Инди со своей подругой Софией. Инди решает разыскать Софию в Нью-Йорке, но, похоже, дела у неё идут неважно: она стала медиумом и одержима идеей мифической Атлантиды, по которой устраивает семинары.

The Fate of Atlantis /

Кто-то пробирается в комнату Софии; вместе с Инди они понимают, что это был Кернер. София объясняет Инди, что нацисты ищут Атлантиду, чтобы раздобыть минерал орихалк, более мощный, чем уран, который хотят использовать в качестве источника энергии. Чтобы найти орихалк раньше, они отправляются в Исландию, а затем в Гватемалу и на Азорские острова. По пути они выясняют, что подсказка к поиску Атлантиды находится в потеряном диалоге Платона «Гермократ». Они находят диалог и узнают, что для входа в Атлантиду нужно найти три каменных диска, первый из которых находится в Алжире.

Они едут в Алжир, где узнают, что нацисты опередили их в поисках, но также находят свидетельства, согласно которым древняя колония атлантов находилась на Крите. На этом острове Инди и София находят второй диск, а заодно и карту с моделью Атлантиды. Однако София попадает в плен к нацистам. Инди спасает её, и вместе они проникают в Атлантиду. Там разумом Софии овладевает древний дух по имени Нур-Аб-Сал, который хочет возродить своё царство. Инди освобождает её, и в центре города они находят машину, работающую на орихалке, которая наделяла атлантов поистине божественными способностями. Тут появляются нацисты, которые пытаются завладеть силой машины, но Инди удаётся сорвать их планы, разрушив город.