Вторая сессия заседаний Поместного Собора проходила с 20 января по 7 (20) апреля 1918 года. К этому времени стало ясно, что большевики в своей деятельности последовательно придерживаются антицерковной политики. Перед самым началом заседаний, 19 января (ст. ст.), Святейший Патриарх Тихон издал Воззвание, в котором грозно обличал гонителей Церкви: «…гонения воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово и вместо любви христианской всюду сеять семена злобы, ненависти и братоубийственной брани». Воззвание обращалось к верным: «Заклинаем и всех вас, верных чад Православной Церкви Христовой, не вступать с таковыми извергами рода человеческого в какое-либо общение». Это Воззвание имело своей целью призвать православных к защите Церкви, но не призывать их к борьбе с большевиками, как позже хотели это представить последние. Воззвание или послание Патриарха Тихона «Об анафематствовании творящих беззаконие и гонителей веры и Церкви Православной» было намеренно опубликовано до начала заседаний Собора, чтобы уберечь его от возможных репрессивных мер со стороны новой власти.

Однако 22 января Собор принял отдельное постановление с одобрением Воззвания и призывом «объединиться ныне вокруг Патриарха, дабы не дать на поругание веры нашей». Чтобы обезопасить патриарший престол, Собор 25 января принял резолюцию, которой Патриарху поручалось назвать имена трех лиц, могущих стать Патриаршими Местоблюстителями в случае его смерти до выборов нового Патриарха; имена должны были держаться в тайне и быть оглашены в случае невозможности для Патриарха исполнять свои обязанности. В будущем эта практика будет широко использована и значительно усложнит высшее церковное управление.

Во вторую сессию Собора архимандрит Вениамин принимал активное участие в работе нескольких отделов. В марте-апреле 1918 года жаркая дискуссия развернулась в отделе о церковном суде по докладу «О поводах к расторжению церковных браков». Эта тема мало кого оставляла равнодушным, так как раньше вопрос браков и разводов регулировался не только и не столько Церковью, сколько государством. По сути, поводом к разводу могло быть только прелюбодеяние и безвестное отсутствие супруга. В остальных случаях получить развод было крайне затруднительно.

Большинство членов отдела и юристы считали, что обстоятельства жизни требуют расширения числа поводов к разводам. Противники же, прежде всего крестьяне и миссионеры, считали, что развод противоречит Евангелию и в случае умножения поводов к разводу произойдет нравственный распад деревни. Обсуждение вопроса затянулось на десять заседаний.

Архимандрит Вениамин обращал внимание соборян на то, что у интеллигентов сложился свой взгляд на брак, а у народа — свой. И Собор не должен забывать о простых людях. «Крестьян <…> здесь, на Соборе, мало, — говорил он. — Наш Собор интеллигентный, но с ними (крестьянами) надо считаться, они представители многомиллионной массы. Если бы мы были последовательны, то надо бы иметь два законодательства: одно для интеллигенции, другое для народа. Но это невозможно. Что же делать? <…> Чтобы не толкнуть народ в искушение к разводам, мы должны быть особенно осторожны. Я боюсь, как бы послаблением Собор не толкнул народ на путь греха <…>. Если Собор пойдет по пути послабления, то он может посодействовать разложению народа, так как прежде у народа поводов к разложению было очень мало. Особенно повинны будут епископы».

В законопроекте в качестве одного из поводов к разводу указывалось «отвращение» супругов друг к другу. Архимандрит Вениамин близко принял к сердцу этот вопрос и даже вынес его на обсуждение в общем заседании Собора. Он говорил: «Никто так не бывает близко друг к другу, как муж и жена. Они должны помогать во всем ко спасению друг друга, а здесь дается не повод к такой помощи, а наоборот. Мы не должны забывать, что в духовной жизни не все так просто, как кажется с первого раза. Отвращение может происходить и происходит не по тем только причинам, а почти всегда здесь действует враг рода человеческого, который ходит как лев иский кого поглотить. Он пользуется поводом, чтобы разрушить любовь между людьми. И действительно, это отвращение может быть доведено до непреодолимости, но непреодолимость только с точки зрения человеческой, а с точки зрения благодати Божией нет ничего непреодолимого. Если нельзя говорить о безусловной непреодолимости и по отношению к физическим болезням, то в духовном смысле на точку зрения непреодолимости не может стать Священный Собор. Мы верим в благодать Божию». Далее он говорил: «Я могу сообщить о двух случаях. Мне известен один случай такого сильнейшего отвращения и ненависти между супругами, длившихся целые годы. Оно доходило до того, что жена держала около себя постоянно топор и говорила мужу, что если прикоснешься ко мне, то конец твоей жизни. Но по благодати Божией все это прошло, и муж и жена зажили между собою дружно. Жена стала говорить про своего мужа, что он терпеливец и страдалец. Я, говорила она, приготовила две проповеди на смерть свою и своего мужа. Про свою проповедь я не буду говорить, а про него скажу, что он всю жизнь был терпеливец и страдалец. Это я рассказываю про моих родителей — отца и мать. Они теперь, благодарение Богу, живут дружно, свято. Если бы не было благодати Божией, то что же это была бы за жизнь в супружестве? Здесь во время перерыва заседаний один священник говорил, что он двадцать раз должен был бы развестись с супругою. Вот и еще другой случай. Один о[тец] диакон в течение 18 лет страдал психическим расстройством, бил и гнал из дому детей, терзал жену, делал неприличные, отвратительные поступки, но его жена диаконица, святая женщина, никогда не решалась на то, чтобы отвернуться от мужа, разорвать связь с ним. И тяжко, и больно, говорила она, но до конца понесу крест Господень, чтобы не брать на себя вины развода».

Архимандрит Вениамин еще и еще раз напоминал, что Церковь относится к браку как к таинству: что Господь соединил, того человек не может разъединить (Мф. 19, 6). И апостол Павел говорит, что Бог сочетал, того не могут разлучить «ни человек, ни иная какая-либо тварь, ни ангелы, ни начала, ни власти» (Рим. 8, 38–39). Брак свят и его надо стараться сохранять, а не умножать поводов к его уничтожению. Но у значительной части соборян в отделе был свой взгляд на этот вопрос.

Окончательно текст доклада был принят 8 апреля 1918 года на 114-м заседании Собора. В то же самое время в высший орган Собора — Совещание епископов, который имел право вето, архимандритом Вениамином за подписью еще 32-х членов Собора было направлено заявление-протест. Вот как об этом вспоминал он сам: «Достойно внимания решение Собора об облегчении и умножении поводов к брачным разводам, что защищали интеллигенты, но против чего протестовали письменно члены Собора — крестьяне. Это очень характерно! Здесь сказывалась крепость брака среди народа, и можно предвидеть, что простые люди недолго увлекутся "свободной любовью", а возвратятся к прочим здоровым формам единобрачия, как и случилось… Между прочим, эта группа (почти всех) крестьян при подаче письменного заявления-протеста выбрала меня своим лидером, вспоминать об этом мне отрадно и теперь: народ всегда чувствовал доверие ко мне…»

19 апреля стало известно, что Совещание епископов отвергло первоначальный проект о поводах к расторжению брака по ряду пунктов и направило его на доработку. В августе было заявлено, что отдел согласился с мнением Совещания епископов отвергнуть, например, такие поводы к расторжению брака, как алкоголизм, нанесение постоянных оскорблений, однако настаивал на сохранении как повода к разводу неизлечимой душевной болезни и злонамеренного оставления. Доработанный доклад был рассмотрен и принят Совещанием в начале сентября 1918 года. И все же «Собор не послушал селян, — вспоминает потом владыка Вениамин, — остался при принятом решении о более легких разводах. А политическая власть дала полную свободу в брачных делах».

Другойважный вопрос, в обсуждении которого он принял участие, касался духовного образования. Будучи тесно связан с духовной школой, архимандрит Вениамин отчетливо видел ее недостатки. «В семинарию шли совсем не для того, чтобы потом служить в Церкви, а потому, что это был более дешевый способ обучения детей духовенства», — вспоминал он. Духовные училища и семинарии представляли собой учебные заведения закрытого типа, с казарменной, бездушной дисциплиной, и дети священно-церковнослужителей, за редким исключением, учились в них неохотно. «И нам, начальникам, становилось все труднее и труднее держать дисциплину, а еще более религиозный дух. Приходилось мириться, смотреть сквозь пальцы, страдать и за них, и от них», — продолжает владыка.

Главной проблемой семинарии было то, что она не оправдывала свое название — «духовная». Духовной жизни семинария не учила и ее не давала. На Соборе архимандрит Вениамин открыто заявлял: «Я, как ректор семинарии и как бывший семинарист, утверждаю, что семинария не только не развивает веру, не только не способствует духовному опыту, но, как это ни печально, но это факт, — она ослабляет веру, простоту веры в силу Божию, с которой туда приходят, она, если хотите, убивает живой дух. Это мое глубокое убеждение и не мои только слова, а слова [некоего] проповедника, который умирал при том убеждении, что исцеления в наших семинариях не может быть».

Диагноз, который архимандрит Вениамин ставил дореволюционной духовной школе, был аналогичен тому, что наблюдалось им и в современной жизни Церкви. Как в отделе о проповедничестве, в отделе о церковной дисциплине, так и в отделе о духовных школах он постоянно говорил о том, что нужно больше внимания обращать не на внешнюю сторону, а на внутреннюю, на духовную составляющую жизни Церкви. Не тот проповедник, который обладает большими знаниями и красноречием, трогает сердца слушателей, а тот, кто сам не понаслышке знает, о чем говорит. Кто старается всей своей жизнью подтверждать собственные слова, сказанные с амвона. Кто живет или, по крайней мере, стремится жить духовной жизнью, тот и имеет силу проповеди.

Даже формулировку отдела о проповедничестве о том, что проповедь является «главнейшей обязанностью пастырского служения» архимандрит Вениамин поправлял. «Пастырь Церкви есть прежде всего совершитель таинств, и это — его главная обязанность. <…> Народ почитает в священнике прежде всего не оратора, а молитвенника. Вот почему ему и дорог о. Иоанн Кронштадтский, как дороги и другие наиболее известные молитвенники пред Богом. Вот почему даже в том случае, когда батюшка в ответ на просьбу о молитве говорит: "Я плохо молюсь", народ все-таки просит: "Помоли́тесь за нас, а мы помолимся за тебя". Проповедь среди пастырских обязанностей в сознании народа стоит только на третьем месте. Где батюшка усердно молится и вообще хорош для народа, там последний и не требует от него ораторских речей».

«Беда заключается в том, — продолжал архимандрит Вениамин, — что действительный Христос затемнен в жизни, в людях, и не только в мирянах, а и в нас — благовестниках, пастырях и учителях. Я знал 50-летнего священника, и он пред смертью с болью в сердце говорил, что не мог вполне отрешиться от скептицизма и маловерия, которое к нему было привито в школе. И вот в нас веры мало, веры в то, что мы проповедуем. Обращает на себя внимание то обстоятельство, что в проповедях говорится: не пей, не кури, а мало говорится о Христе, о благодати Божией, духовной жизни. Совершенно понятно, почему это так. У наших семинаристов и у нас много недостатков, но не замечается одного недостатка: мы не хотим быть ханжами. И вот мы боимся высказывать то, что не глубоко проникло в душу, и когда думаем произнести проповедь, говорим о том, что нужно быть трезвыми, не убивать и т. п.; это религиозных людей не удовлетворяет, но нам просто стыдно, и мы мало говорим о Христе, благодати Божией, духовной жизни».

Упадок духовной жизни, несомненно, явился одним из следствий революции. Летом 1917 года из разных уголков России приходили известия о снятии с себя сана тех или иных священно-церковнослужителей. В некоторых случаях причиной была поддержка революционных изменений. Однако многие из сочувствующих революции при этом оставались в Церкви. Еще в сентябре 1917 года, анализируя причины и последствия произошедшего, архимандрит Вениамин в отделе о церковной дисциплине говорил: «Два результата всякой революции, особенно же социальной: а) отодвигает религиозные ценности на задний план и б) повышает худые стороны души: гордость, плотскость. ("Царя нет, теперь мы все цари" — слова мастерового.) Это, в свою очередь, вызывает ответную борьбу со стороны христиан, действительно дорожащих своей духовной жизнью. И я утверждаю, что это контрдвижение назревает. Начинают объединяться люди на почве исключительно религиозной: организуются братства действительно единодушных церковных людей. Все это видно и на <…> отношении к вопросу об отделении Церкви от государства:

а) само государство (правительство) стало на внрелигиозную, гуманитарную, языческую сторону;

б) другие не хотят отделения;

в) а третьи (характерно, что так думали и многие искренно религиозные, духовные люди) — за отделение Церкви от государства, чтобы уже резче провести грань, и чтобы усилилась жизнь подлинно религиозных людей.

Обобщая все это, я высказываю положение: теперь уже не одна Церковь, а, так сказать, Церковь в Церкви, т. е. истинная, подлинная Церковь, действительно живущая во Христе, среди "отступающей", или "внешней", Церкви.

Но, как мне кажется, момент обособления еще не наступил. Сейчас же время брожения, а, следовательно, пока приходится жить в мучительном компромиссе. Но наступит и явное выделение Церкви истинной. Кажется, сейчас мы доживаем период Сардийской церкви, признаки которой — увлечение материальной культурой (ты думаешь, что богат материально, а в самом деле — беден духовно) и внешнее христианство; а за ним — предпоследний, филадельфийский период, когда подлинная Церковь будет явно немногочисленна и выделится из "Вавилона".

Что же делать теперь Церковному Собору? Это страшный вопрос. Одному лишь Господу Богу все возможно. И, кажется, только великими скорбями Он повелит выйти своей Церкви из сего. И только тогда возможно будет ей жить в чистоте и духовной энергии».

Вот с этой обновленной энергией, в чистоте, архимандрит Вениамин призывал создать новые духовные школы, которые должны будут воспитывать подлинных носителей духа. Он выступал за разделение общего и специального образования и создание так называемых всесословных богословско-пастырских курсов.

Идея эта была не нова. Незадолго до того похожий проект преобразования духовных школ предлагал бывший ректор Тамбовской духовной семинарии и Московской духовной академии архимандрит Феодор (Поздеевский). Схожих настроений были митрополит Антоний (Храповицкий) и митрополит Евлогий (Георгиевский). Создание всесословных богословско-пастырских курсов позволило бы решить проблему недостатка образованных кандидатов в священство. Но, главное, туда будут идти не по нужде, а по призванию.

Свой проект школьной реформы архимандрит Вениамин озвучивал на первых заседаниях отдела о духовных школах еще в сентябре 1917 года. Подавляющее большинство членов тогда проголосовало за проект протоиерея Константина Аггеева, согласно которому на некоторое неопределенное время общеобразовательные и богословские классы семинарии составили бы единое учебное заведение. Хотя в начале доклада и было объявлено о необходимости их разделения в будущем. В конце осени данный проект был передан на рассмотрение в Соборный Совет. Однако заслушан он был его членами только 13 (26) и 15 (28) марта 1918 года. К тому времени бедственное положение духовных школ сменилось и вовсе их полным закрытием по распоряжению новой власти.

20 февраля архимандрит Вениамин призвал отдел к разработке вопроса о пастырской школе в подотделе, а 23 февраля предложил перейти к его обсуждению на общих заседаниях отдела. 27 февраля председатель отдела епископ Иоанн (Смирнов) предложил перейти к обсуждению вопроса о пастырской школе, а архимандрит Вениамин и протоиерей Константин Аггеев зачитали свои доклады: «О пастырской школе» и «О положении учебного дела в Церкви в 1918–1919 гг.». Это открыло в отделе новый виток напряженных дискуссий о типе духовных школ, продолжавшихся в течение почти всего марта.

Архимандрит Вениамин настаивал на разделении общего и специального образования. По заданию отдела ему было поручено подготовить по этому вопросу доклад. 26 марта (8 апреля) Соборный Совет постановил напечатать доклад в новой редакции вместе с отдельным мнением и включить в повестку Собора. Обсуждение доклада на общем заседании состоялось через неделю с 2 (15) по 6 (19) апреля. Собор постановил, во-первых, «оставить духовные семинарии и училища в существующем виде с необходимыми изменениями» и, во-вторых, согласиться с тем, «что наравне с семинариями могут быть учреждаемы пастырские училища по соображениям всех местных условий».

Впоследствии митрополит Вениамин вспоминал об этом: «Открылся Московский Церковный собор. И там, между прочим, был прямо поставлен вопрос о закрытии семинарий и создании специальных пастырских училищ. Требовалось изменение подготовки пастырей. Раньше и духовные академии давали людей около 10 процентов в духовенство. И они были закрыты. За границей уже стали открывать училища со специальным пастырским назначением и духом. На родине же за это время стали подбирать духовенство не по образовательному цензу, а нравственно-индивидуальному. Это исконный и лучший путь. Но Церковь в свое время хотела восстановить и школы, но с иным духом и строем. Этого мы ждем. Старые школы не умели воспитать нас».

Тогда же, на Соборе, архимандрит Вениамин выступил по этому вопросу со своим «Отдельным мнением», предположительно составленным около 23 марта (5 апреля). Этот документ не был напечатан в приложении к докладу и остался лежать в архиве. В этом документе он прорабатывал вопросы поступления в семинарию, внутренний распорядок, расписание, размещение в епархиальных зданиях и источник финансирования. В программу архимандрит Вениамин включал не только широкий круг богословских дисциплин, но и некоторые общеобразовательные предметы. Например, предполагалось изучение современного гражданского законодательства. Но всему этому в ближайшее время не суждено было сбыться. Хотя проект новой духовной школы все же был отчасти воплощен в жизнь в 20-х годах XX века настоятелем Даниловского монастыря архиепископом Феодором (Поздеевским) в виде богословских курсов, которые просуществовали, однако, не долго.