В 1990-е годы сохранившаяся часовня была освящена как церковь и стала подворьем Зеленецкого Свято-Троицкого мужского монастыря. Но могила Матронушки Босоножки все еще продолжала считаться потерянной. И все же у прихожан оставалась надежда на то, что ее можно будет найти. 3 мая 1995 г. наместник Зеленецкого монастыря иеромонах Иосиф (Белецкий), идя навстречу многочисленным просьбам прихожан и почитателей Матронушки, благословил привести в порядок место ее захоронения.

«Пригласили экскаваторщика с соседней стройки, убрали горы технического мусора, но следов склепа не было. Священнослужители и прихожане загрустили, но вот кто-то попросил экскаваторщика копнуть ковшом ближе к Неве. Зубец ковша сразу наткнулся на треснувшую плиту, закрывавшую склеп, ее сдвинули, и глазам всех присутствующих предстала обложенная кирпичом сухая могила, в которой находился гроб из белого металла, крышку которого украшали изображения ангелов. Его извлекли из склепа и принесли в храм.

Отец Иосиф в тот же день поспешил к митрополиту Санкт-Петербургскому и Ладожскому Иоанну (Снычеву) с вопросом: “Что делать?” Владыка благословил не вскрывать запаянный гроб, но оставить его в склепе и восстановить на могиле надгробие для поклонения верующих.

Владыка объяснил, что прославляет святых Бог, а народ получает от святых молитвенную помощь. И пока нет свидетельств чудес, нет публикаций в церковных изданиях, не может быть и речи о вскрытии мощей и о прославлении.

Всю ночь гроб стоял в храме, а братия читала Псалтирь. На следующий день — 4 мая — гроб снова опустили в могилу, на прежнее место, закрыли склеп плитой и соорудили холмик с деревянным крестом.

У могилы снова стали служить панихиды, опять появилась неугасимая лампада. Почитатели Матронушки Босоножки вновь стали приходить на ее могилу, прося помочь в житейских проблемах, исцелить болящих, побороть пьянство. На ее могиле и зимой и летом лежат живые цветы — знак благодарности тех, кому Матронушка продолжает помогать»209.

В книге В. М. Некрасова «Мои дорогие и неповторимые» приведен рассказ случайного участника тех событий.

«Как-то на машине “бомбил”, и вижу — я третий раз уже сегодня оказываюсь на одном и том же месте. Что такое?.. Смотрю — церковь. Надо зайти! Дернул — дверь открыта. Захожу.

И тут бежит послушница:

— Батюшка! Батюшка! Мужчина!

Думаю — куда я попал?.. А оказалось, именно в этот вечер обрели мощи матушки Матренушки. Гробик медный, тяжелый, и надо было четыре человека, чтобы его нести. Я оказался четвертым! Надо же такое…

А копали экскаватором, и гробик повредили с одной стороны. И вот, когда мы несли, меня поразило необыкновенное благоухание от гроба! Как будто бы розы… но только розы ни в какое сравнение не идут! А я знал тогда только духи и одеколоны. Мирской человек на тот момент.

Отслужили литию. Когда я приложился ко гробику (а угол был поврежден), послушница говорит:

— Набери себе песочка.

Я взял себе немного в платок.

Большевики в свое время сделали рядом с могилой кочегарку, и шлак ссыпали на могилу. Потом сделали там помойку. Ну, как водится! Поэтому долго не могли найти мощи. А берег рядом, вода подмывает, и она какое-то время была в воде.

Машина у меня долго благоухала… Я ведь песочек возил с собой. Все пропиталось им, и одежда тоже. Женщины, которых я подвозил, все поголовно интересовались — что это за волшебный запах? Очень им нравилось. А я не знал, как объяснить (что я скажу — это, понимаете, запах из гроба?) и молчал. Но одна женщина уж больно хотела узнать, и я взял ей рассказал…

Она так посмотрела на меня!

— Как вам не стыдно, я же вас серьезно спрашиваю…

Я и к батюшке пришел через Матронушку-Босоножку. Отец Василий очень молился ей. Я знаю, я его возил.

Рань несусветная, едем на службу… А маршрут батюшка определял. Едем, он спит, я ни о чем не спрашиваю… Выезжаем на набережную, поравнялись с подворьем — а он спит — и вдруг, смотрю — перекрестился…

— Батюшка, а почему Вы креститесь?

— Матренушке молюсь»210.

На Зеленецком подворье стали скрупулезно собирать и записывать многочисленные случаи помощи Божией по молитвам праведницы. В 1999 году кто-то поведал такую историю: «Когда восстанавливали могилу блаженной, землекопы потребовали в качестве платы за работу… вина. Было видно, что ребята эти явно неравнодушны к спиртному. Уговоры не помогали. Что ж делать? Но когда налили понемногу — украдкой обронили в стакан щепотку земли с могилки. Через неделю появляются землекопы снова у храма. Зеленые, с “квадратными” глазами и говорят: “Слышь, наверно мы умираем… Нет, не болит ничего… Просто уже неделю пить не хотим, и не лезет!!!”… Молитвами святых Твоих, Господи, помилуй нас»211.