Рядом с первой деревянной Петропавловской церковью и одновременно с ней была построена лютеранская церковь Святой Анны – ведь среди первых строителей и гарнизона крепости было немало иностранцев: голландцев, немцев, англичан. В 1710 г. она была перенесена на Петербургский остров и поставлена у кронверка, неподалеку от Мытного двора[475]. Священники и причетники Петропавловской церкви жили неподалеку от храма. Кроме церквей, в крепости со дня ее основания построили немало других зданий (в основном – деревянных), которые стояли вокруг церквей и вдоль внутреннего канала крепости.

Сразу же были возведены гарнизонные постройки, без которых крепость того времени представить невозможно: дома коменданта и плац-майора, гарнизонная канцелярия, цейхгауз (построен в числе первых в крепости), гауптвахта, караульня, много «магазейнов» – так называли склады и амбары для амуниции и провианта. Где они размещались в крепости в первые годы, точно мы не знаем. Из проекта застройки крепости 1707 г. видно, что служебные здания стояли вдоль северного берега внутреннего канала, а также близко от Трубецкого и Нарышкина бастионов. Несколько «магазейнов» построили и у Васильевских ворот – там, где сейчас стоит Монетный двор[476]. Комендантский дом и «протчие строения» возвели в самом центре – напротив Петропавловского собора, стоявшего на южном берегу канала. В 1721 г. объявили, что многие здания в крепости будут перестраивать «в камне» по утвержденным однотипным чертежам, однако желающих взять подряд на эту работу в Городовой канцелярии не объявилось ни в этом году, ни два года спустя – видно, работа была невыгодна подрядчикам[477].

Среди прочих служебных зданий в крепости была построена и Гарнизонная аптека. Из письма порученца М. Мошкова А. Д. Меншикову 5 апреля 1704 г. известно, что в Петербург были перевезены медикаменты и снадобья – «аптекарская казна»[478]. Иначе говоря, не позже весны 1704 г. в крепости и, соответственно, в городе появилась первая аптека[479]. Позже, в 1736 г., в здании под названием «Старая аптека» разместилась одна из тюрем Тайной канцелярии. Возможно, это и было первое здание аптеки[480]. Каменный пороховой погреб был построен не позже 1708 г., хотя ясно, что пороховой погреб в крепости был и раньше, с самого начала ее существования[481]. Однако в мирное время (учитывая особую опасность хранения в крепости пороха) зелье держали в нескольких удаленных друг от друга помещениях, в том числе и за пределами Заячьего острова. За 1720 г. сохранились сведения о строительстве двух новых кирпичных пороховых погребов. Один погреб стоял на «Санкт-Петербурхском острову на пороховой мельнице» (т. е. в районе современной Большой Зелениной улицы), а другой – «ниже Рыбного ряду на островку», то есть на отмели напротив нынешнего Пушкинского Дома и возле современного Биржевого моста[482]. В 1720 г. в крепости открыли гарнизонную и артиллерийскую школы для детей гарнизонных солдат.