Первые два Вселенских собора окончательно решили вопрос о том, что Иисус Христос есть Бог и вместе с тем человек. Но последнее решение далеко не удовлетворило пытливые богословские умы, которые стали заниматься вопросом о способе соединения в Иисусе Христе двух природ и о взаимном их отношении. Из Антиохии еще в конце IV века вышло учение о том, что полного слияния обеих природ в Иисусе Христе не было; в своем дальнейшем развитии это учение доказывало полную самостоятельность человеческой природы в Иисусе Христе, как до соединения, так и после соединения ее с природой Божественной. Пока это учение не выходило за пределы ограниченного круга лиц, оно не вызывало в церкви больших смут. Но со времени появления на константинопольской патриаршей кафедре убежденного сторонника этого учения, антиохийского пресвитера Нестория, обстоятельства изменились: Несторий сделал антиохийское учение общецерковным. Новый патриарх, знаменитый своим красноречием, сразу же после посвящения обратился с такими словами к императору: «Дай мне, государь, очищенную от еретиков землю, и я за это дам тебе небо; помоги истребить мне еретиков, и я помогу тебе истребить персов». Под еретиками Несторий разумел всех тех, кто не разделял его взглядов на самостоятельность человеческой природы в Иисусе Христе. Деву Марию Несторий называл не Богородицей, а Христородицей.

Открыв суровые преследования против своих противников, Несторий вызвал в церкви большую смуту. Особенно сильно восстали против учения Нестория патриарх Александрийский Кирилл и папа Целестин, осудивший на римском соборе еретическое учение. Император Феодосий, желая положить конец церковным распрям, созвал в Эфесе Третий Вселенский собор, который осудил несторианство (431 год). Сам Несторий был отправлен в ссылку в Египет, где и умер.

Несмотря на осуждение несторианства, его последователи оставались в довольно большом числе в Сирии и Месопотамии; против них гражданские власти, по приказанию императора, неоднократно прибегали к строгим мерам. Главным центром несторианства была Эдесса, где находилась знаменитая философская школа. В 489 году, при императоре Зеноне, школа была уничтожена, а преподаватели и ученики направились в Персию, где основали школу в городе Нисибин. Персидский царь охотно принимал несториан и оказывал им покровительство, так как видел в них врагов империи, которыми при случае он мог воспользоваться.

Как реакция на несторианство в Александрии после Эфесского собора возникло течение, приверженцы которого во главе с Кириллом Александрийским находили в Иисусе Христе перевес его Божественной природы над человеческой и приходили к заключению, что последняя была совершенно поглощена первой, то есть что в Иисусе Христе есть лишь одна Божественная природа. Учение это стало называться монофизитством, а его последователи — монофизитами (от греческих слов μόνος — один и φύσις — природа). Монофизитство достигло больших успехов при александрийском епископе Диоскоре. К этому учению стал склоняться император. В то же время против монофизитства восстали константинопольский патриарх и папа Лев I Великий. По настоянию Диоскора император собрал в 449 году собор в Эфесе, получивший в истории название «разбойничьего». На нем александрийская партия монофизитов во главе с Диоскором, применив силу по отношению к несогласным, одержала победу. Монофизитство было признано правоверным, а его противники осуждены. Император утвердил постановления собора и признал его Вселенским. Конечно, это решение не дало церкви мира. В момент сильных церковных смут Феодосий умер, оставив решение столь важного в последующей истории Византии вопроса о монофизитстве своему преемнику.

Помимо событий бурной и чреватой своими последствиями церковной жизни эпоха Феодосия II интересна также и другими важными событиями во внутренней жизни империи. Для культурного процветания Византии имело крупное значение основание высшей школы в Константинополе и издание Феодосиева кодекса.

До V века одним из главных центров образования в Римской империи были Афины, где находилась знаменитая философская школа. Туда отовсюду собирались учителя риторики и философии. Преподаватели частично получали жалованье из императорской казны. Частные уроки также оплачивались в Афинах лучше, чем в других городах. Торжество христианства в конце IV века нанесло сильный удар значению афинской школы. Кроме того, интеллектуальная жизнь в Афинах была нарушена в самом конце этого века вторжением вестготов. Позже сильнейший удар афинской школе был нанесен основанием при Феодосии II в 425 году высшей школы в Константинополе.

Когда Константинополь стал столицей империи, многие риторы и философы прибыли в новую столицу, так что и до Феодосия II какой-то вид высшей школы мог там существовать. Преподаватели и ученые приглашались в Константинополь из Африки, Сирии и других мест. Иероним заметил в своей хронике: «Еванфий, наиболее ученый грамматик, умер в Константинополе, и на его место пригласили из Афин Харисия». Поэтому вполне можно говорить о том, что при Феодосии II высшая школа была не основана, а реорганизована.

Профессоров здесь было 31; они преподавали грамматику, риторику, законоведение и философию. Преподавание велось частью на латинском языке, частью на греческом. Указ Феодосия II от 425 года говорит о трех риторах и десяти грамматиках, знатоках латинского языка, и о пяти риторах и десяти грамматиках, знатоках греческого языка; кроме того, предусматривался один философ и два юриста. Хотя государственным языком еще оставался латинский, учреждение кафедр с греческим языком указывает на то, что сам император начинал признавать в новой столице права и за этим языком, который в восточной половине империи был, конечно, более понятен, чем латинский. Поэтому, вероятно, риторов с греческим языком было в высшей школе пять, а риторов с латинским языком всего три. Для новой высшей школы, которую ученые иногда называют университетом, было отведено особое здание с обширными залами для чтения лекций. Профессора не имели права обучать кого-либо у себя на дому, то есть принуждались все свое внимание и время посвящать преподаванию в здании школы. Они содержались из государственных средств и могли дослужиться до очень высоких чинов. В последующей истории Византии высшая школа Феодосия II явится тем очагом, около которого будут объединяться лучшие умственные силы империи.

Ко времени Феодосия II относится древнейший дошедший до нас сборник указов римских императоров. Уже давно чувствовалась необходимость в подобном сборнике, так как многочисленные указы забывались и терялись, что вносило путаницу вдела и затрудняло деятельность юристов. До Феодосия II известны два сборника указов: Codex Gregorianus и Codex Hermogenianus, названные так, вероятно, по именам своих неизвестных нам составителей, Григория и Гермогена. Первый относился к эпохе Диоклетиана и содержал указы, вероятно, со времени Адриана до Диоклетиана. Второй сборник был составлен в IV веке и содержал указы от конца 111 до шестидесятых годов IV века. Оба эти сборника до нас не дошли и известны лишь по незначительным сохранившимся отрывкам.

Феодосий II решил издать, по образцу двух предшествовавших сборников, кодекс, включающий указы христианских императоров начиная с Константина Великого, и после восьмилетней работы созванная императором комиссия издала в 438 году так называемый Codex Theodosianus. Язык его был латинский. Он распадается на 16 книг, которые подразделяются на главы. Каждая книга охватывает какую-либо сторону государственной жизни, например: вопрос о должностях, о военном деле, о религиозной жизни и т. д. В главах указы распределены в хронологическом порядке. Появившиеся после издания кодекса указы стали называть новеллами.

Кодекс Феодосия — это драгоценнейший источник для изучения истории IV и V веков. Охватывая эпоху, когда христианство сделалось государственной религией, он как бы подводит итоги тому, что новая религия сделала в области права, какие изменения она внесла в юридические отношения. Вместе с предыдущими сборниками Codex Theodosianus послужил солидным основанием для последующего законодательства Юстиниана. Наконец, будучи введен в период передвижения германских племен, он вместе с двумя более ранними кодексами, позднейшими новеллами, и некоторыми юридическими памятниками императорского Рима оказал большое влияние, прямое и косвенное, на варварское законодательство. Изданный при вестготском короле Аларихе II в начале VI века «Римский закон вестготов», предназначавшийся для римских подданных Вестготского королевства, представляет собой не что иное, как сокращение Феодосиева кодекса и других источников; поэтому этот закон называется «Бревиарием Алариха», то есть «Сокращением». Через этот вестготский сборник Codex Theodosianus оказал в период раннего Средневековья, включая и каролингскую эпоху, серьезное влияние на европейское законодательство.