Были выдвинуты обвинения в том, что план был подготовлен хунтой во главе с Четином Доганом, командующим 1-й армией, с целью свержения правительства Партии справедливости и развития в декабре 2002 года – сразу после выборов, состоявшихся в ноябре того же года. Документы объемом 5000 страниц якобы содержали планы вынудить правительство ввести военное положение путем подрыва бомб в мечетях Фатих и Баязит, сбить турецкий самолет в воздушном пространстве Греции для провокации общественного мнения, захватить больницы и склады медикаментов, закрыть ассоциации, арестовать политиков и демократически настроенных журналистов.
Согласно обвинительному заключению, этот план переворота был отрепетирован 5–7 марта 2003 года в штабе 1-й армии под руководством командующего генерала Четина Догана. Обвиняемый генерал в отставке Четин Доган заявил, что учения по сценарию эскалации напряженности в штабе армии проводились в рамках обеспечения безопасности, но отверг обвинения в организации переворота. Это подтвердили на следующий день в своем пресс-релизе Вооруженные силы Турции.
Документы, якобы отражающие подготовку переворота командованием 1-й армии, были переданы в прокуратуру, которая на их основе первоначально возбудила дело против 194 человек, включая генерала Четина Догана.
Расследование началось 22 февраля 2010 года, но за отсутствием доказательной базы 1 апреля 2010 года дежурный судья 12-го Высшего уголовного суда Октай Кубан освободил 19 обвиняемых, включая Четина Догана, с формулировкой «ввиду отсутствия достаточных доказательств вины». Однако прокуроры обжаловали это решение, и 12-й Высший уголовный суд в составе коллегии из трех судей постановил повторно арестовать 21 подозреваемого.
В июне 2010 года Йылмаз Алп, дежурный судья 9-го Высшего уголовного суда Стамбула, постановил освободить 26 обвиняемых. В своем решении Йылмаз Алп указал на отсутствие конкретных фактов, подтверждающих, что их участие в противоправных действиях имело место.
Однако 19 июля 2010 года 10-й Высший уголовный суд Стамбула принял к производству обвинительное заключение, подготовленное стамбульскими прокурорами Мехметом Эргюлем, Муратом Йендером, Сулейманом Пехливаном и Али Хайдаром, и возбудил уголовное дело против 196 человек, все из которых были военнослужащими. В 968-страничном обвинительном заключении подсудимые обвинялись в «попытке насильственного упразднения исполнительного органа Турецкой Республики и насильственном воспрепятствовании исполнению им своих обязанностей».
Суд назначил дату первого слушания на 16 декабря 2010 года. Заседания проходили в зале суда пенитенциарного учреждения в Силиври. В своей обвинительной речи прокурор потребовал приговорить 365 обвиняемых, из которых 250 находились под арестом, к тюремным срокам от 15 до 20 лет по статьям 147 и 61 Уголовного кодекса Турции за «попытку насильственного свержения Совета министров Турецкой Республики или воспрепятствования исполнить его обязанности».
21 сентября 2012 года 10-й Высший уголовный суд Стамбула приговорил к пожизненному заключению в условиях строгого режима генерала в отставке Четина Догана (бывшего командующего 1-й армией), адмирала в отставке Оздена Орнека (бывшего командующего военно-морскими силами) и генерала в отставке Халила Ибрагима Фыртыну (бывшего командующего военно-воздушными силами) по обвинению в «насильственном упразднении либо воспрепятствовании исполнению обязанностей Совета министров Турецкой Республики».
Однако наказание было смягчено в связи с «незавершенностью попытки переворота», и пожизненное заключение было заменено 20 годами лишения свободы. Столь суровое решение суда, несмотря на последующее смягчение приговора, шокировало общественность. По мнению Джахита Армагана Дилека, бывшего директора Института Турции XXI века, с 2007 года Турция подвергается стратегической атаке, направленной против ее центральной опоры – Вооруженных сил, которые были подготовленные к классическим и регулярным войнам, оказались неспособны противостоять информационной войне и понесли серьезный урон.
В качестве оперативных центров, подлежащих ликвидации с целью ослабления турецкой армии, были выбраны спецназ Генерального штаба, группы SAT/SAS, действующий и будущий командный состав, а особенно военно-морские силы, которые, как подчеркивается, в мирное время могут использоваться в качестве политического инструмента в соответствии с логикой «Кувалды».