После того как Айя-София была вновь превращена в мечеть и вернулась к своей первоначальной функции, соответствующие министерства и государственные учреждения начали рассматривать шаги, необходимые для того, чтобы она могла оставаться объектом общего культурного наследия. Задача заключалась в том, чтобы сохранить ее доступность для бесплатного посещения местными и иностранными туристами, мусульманами и немусульманами, при этом она должна беспрепятственно выполнять свои основные функции как место поклонения.
Решением Регионального совета по охране культурного наследия № 4 Стамбула от 16 июля 2020 года был одобрен проект № 7527 обустройства Айя-Софии для осуществления религиозной деятельности. Проект предусматривает установление маршрутов для посетителей с обеспечением одновременного функционирования Айя-Софии как культового сооружения и туристического объекта, а также разделение зон для молитвы и осмотра с помощью перегородок. Во время молитвы будут закрыты изображения Девы Марии с Младенцем и архангела Гавриила, расположенные над михрабом в основном зале (наосе), мозаика императора у главного входа и мозаика жертвоприношения над боковым входом (вестибюлем) с помощью съемных и раздвижных штор. Остальные мозаики, фрески и аналогичные элементы будут сохранены в неизменном виде. Также предусмотрено настилание войлока и коврового покрытия на полу основного зала, ограждение зоны коронации императора с возможностью дальнейшей экспозиции, а также восстановление фонтана султана Махмуда I во дворе.
Протокол, подписанный 16 июля 2020 года между Министерством культуры и туризма Турецкой Республики и Управлением по делам религии (Дийанет), определил основные принципы, направленные на охрану и популяризацию исторических, культурных, социальных, духовных и эстетических ценностей Айя-Софии, а также распределение обязанностей между учреждениями по соответствующим направлениям.
Было установлено, что охрана как материального, так и нематериального наследия Айя-Софии должна осуществляться на основе общепринятых национальных и международных принципов. В качестве основополагающего принципа также принято обязательство информировать центр Всемирного наследия ЮНЕСКО и готовить отчет об оценке воздействия на культурное наследие перед началом крупных строительных или инфраструктурных проектов, которые могут повлиять на Айя-Софию, в соответствии с пунктом 172 Руководства по реализации Конвенции о всемирном наследии 1972 года.
В рамках заключенного протокола будет создан Административный совет, в который войдут представители Министерства культуры и туризма, Управления по делам религии и Управления исторических зон Стамбула. Основной целью совета является оперативное определение потребностей, реализация соответствующих мероприятий в рамках координации и передача накопленного научного и институционального опыта.