Детство Петруши закончилось в десять лет. Его брат Фёдор Алексеевич скончался на седьмом году своего правления. Семейства Милославских и Нарышкиных (родственники первой и второй жены Алексея Михайловича), стоявшие у трона, начали ожесточённую борьбу за власть. Каждый клан продвигал своего ставленника: Нарышкины – Петра, а Милославские – Ивана. Соперничество кланов вылилось в кровопролитный стрелецкий бунт. Пётр видел, с какой жестокостью взрослые ведут эту борьбу.

По итогам стрелецкого бунта на престол взошли сразу два брата – Иван и Пётр, и специально для юных царей был изготовлен двухместный трон. Их старшая сестра, царевна Софья, стала регентом до совершеннолетия мальчиков.

Трагические события, пережитые в детстве, сказывались на Петре всю его дальнейшую жизнь. Его преследовал страх смерти, у него случались приступы гнева. В моменты сильных переживаний его мучили нервный тик и судороги, а порой и эпилептические припадки.