Трижды Троицкий собор Ипатьевского монастыря исчезал, чтобы вновь возникнуть на прежнем месте в ином виде. После наречения на царство Михаила Романова канула в Лету русская Смута и начался отсчёт времён новой династии. Позже собор превратили в музей, но в конце концов он вновь стал храмом.

Основание Ипатьевского монастыря относится ко временам столь древним, что точных документов о построении в нём первого собора не сохранилось. Лишь словесное предание донесло до нас, что около 1330 года была срублена из дерева церковь на подклете, освящённая во имя Святой Троицы и имевшая придел апостола Филиппа и священномученика Ипатия. Храм тот был хоть и невелик размером, но о пяти главках и с деревянными папертями. Эти характерные приметы потом будут проявляться в архитектуре всех последующих соборов, возводившихся на этом месте в разные времена разными людьми, сохранявшими традицию.

Первый каменный Троицкий собор был построен щедротами бояр Годуновых, владевших вотчинами в костромском краю. Вошедшие в большую силу при московском дворе, они всю обитель отстроили в камне и обнесли крепостной стеной. Около 1558 года закончилось строительство Троицкого собора, возведённого по образцу московских храмов того времени, но сохранившего характерные черты старого, деревянного. Размерами 12 на 10 метров его возвели на подклетах, увенчали пятью главками и покрыли «немецким железом» с позолоченными крестами. Три крытые каменные паперти образовывали галереи. На исходе века, уже в годы правления царя Бориса Годунова, собор основательно украсили росписями, а его собрание икон стало одним из самых богатых в московском царстве. 14 марта 1613 года – триумф собора. Именно тогда Михаил Романов принял здесь в руки царский скипетр – то есть решился принять престол. В память об этом был пристроен придел во имя преподобного Михаила Малеина – небесного покровителя первого царя новой династии. Надёжные каменные подвалы собора использовали как монастырский пороховой погреб. В 1649 году запасы опасного порошка из-за неосторожного обращения с огнём взорвались и полуразрушенный собор пришлось разбирать до основания. На том же месте возвели новое здание. Оно было вдвое больше против прежнего, но у него всё так же было пять глав, крытые паперти и два придела. Стены были расписаны фресками местными костромскими мастерами во главе с Гурием Никитиным. Накануне празднования 300-летия дома Романовых было вложено около 100 тысяч рублей в ремонт и реставрацию храма. Эти работы позволили ему пережить послереволюционное лихолетье и продержаться до 1958 года, когда весь монастырь стал архитектурным музеем-заповедником. После возрождения монашеской общины в стенах Ипатьевской обители Троицкий собор снова стал главным монастырским храмом.