Деревня Кожухово в 70-х гг. XVI в. была «за владыкою за Крутицким», то есть принадлежала митрополиту Крутицкому и Сарайскому. Тогда там считалось «пашни владычной» 15 четей (четь или четверть равнялась примерно пяти с половиной – семи тысячам кв. метров), крестьянской пашни 26 четей, да «худой земли» 120 четей, сена по Москве-реке собиралось 500 копен, и «лесу рощи бору 10 десятин».

Деревня Кожухово известна событиями петровского царствования: в 1694 г. Петр I проводил здесь маневры потешных и регулярных войск – так называемый Кожуховский поход.

Вернувшись осенью 1684 г. из Архангельска, Петр I немедленно приступил к воинским маневрам. У деревни построили внушительную крепость, окруженную глубоким рвом и земляным валом высотой в 3,5 метра. Стрельцами в крепости командовал Иван Бутурлин, а полками «нового строя» – князь Федор Ромодановский. Маневры начались с перебранки военачальников и поединка самых сильных воинов с обеих сторон. «Марсовая потеха» под Кожуховом была самой продолжительной и походила более на настоящие военные действия, где не обходилось без жертв, – стреляли из пушек и ружей, подводили мины под укрепления, взрывали гранаты, начиненные порохом (Лефорт был так обожжен пороховым горшком, что неделю не мог видеть). Осаждавшие применили даже такое необычное средство: «взяв некую великую трубу», опустили один ее конец в Москву-реку, а другой направили на людей, стоявших на стенах городка, и «с великой прыткостью на неприятеля лили, так что и со щитами не могли стоять, но овых опровергало назад, а иных так обмочило, что они со стен разбежались».

Как и бывало обычно, закончились маневры победой войск нового строя над старыми и обильной пирушкой победителей с побежденными. Кожухово оказалось последней «марсовой потехой» царя Петра. Наступали другие и более серьезные события…

В 1923 г. деревня включена в состав Москвы. В 1929 г. здесь была введена в эксплуатацию Кожуховская станция аэрации, то есть интенсивной очистки сточных вод, которая работала вплоть до 1970 г.

Деревня исчезла примерно в 40-х гг. XX столетия, и теперь только названия нескольких Кожуховских улиц и проездов, станции метро напоминают об этой деревне. В 1950—1970-х гг. в Кожухове шла массовая жилая застройка.