Если в сложноподчиненном предложении есть более одного придаточного предложения в прошедшем времени, сначала подбираются времена для глаголов-сказуемых главного предложения и придаточного предложения, к которому оно относится по смыслу, например:

Я объяснил, что я вошел в комнату, когда Ник вышел. – I explained that I had come into the room…

Далее подбирается время для глагола-сказуемого второго придаточного предложения.

Если действие во втором придаточном предложении происходит одновременно с действием в первом придаточном, его глагол-сказуемое следует ставить в простое прошедшее (Past Simple) или в продолженное прошедшее время (Past Continuous Tense), в зависимости от характера действия, например:

Я объяснил, что я вошел в комнату, когда Ник вышел. – I explained that I had come into the room, when Nick went out.

Я объяснил, что я вошел в комнату, когда Ник выходил. – I explained that I had come into the room, when Nick was going out.

Если действие во втором придаточном предложении происходит раньше, чем действие в первом придаточном, его глагол-сказуемое следует ставить в прошедшее совершенное (Past Perfect) или в прошедшее совершенное продолженное время (Past Perfect Continuous Tense), в зависимости от характера действия, например:

Я объяснил, что я вошел в комнату, когда Ник уже вышел. – I explained that I had come into the room, when Nick had gone out.

Я объяснил, что я вошел в комнату, когда Ник уже какое-то время сидел на диване. – I explained that I had come into the room, when Nick had been sitting in the sofa for some time.