Ниппур (шумерский Нибуру, ныне Ниффер) расположен в верхней части Евфрата. Город ни разу не был столицей Шумера, не известен нам по Библии, по сравнению с другими городами шумерской цивилизации он молодой, но… без одобрения из Ниппура не назначали ни одного лугаля, ни одного энси.
Протогород на месте будущего шумерского сакрального центра появился в IV тыс. до н. э., храм общинному божеству Энлилю (Эллилю) возник здесь раньше. Зикурат назывался Экур, или Дуранки, – это шумерское слово, которое означает «дом в горах», это связанно со схемой строительства зиккуратов, когда насыпалась искусственная гора-холм, и поверх неё строился дом бога, вели к нему лестницы, арки, всё было в три уровня, там же была священная роща. В III–II тыс. до н. э. город Ниппур играл ключевую роль в политической жизни Месопотамии. Здесь правители должны были получить от божества Энлиля подтверждение своих прав на престол, без этого признания их власть не считалась законной. В знак благодарности за признание лугали, или эны, приносили щедрые дары в храм Экур (Дуранка), расположенный в Ниппуре. В городе проводили строительство и реконструкцию храмов, общественных зданий, городских стен и каналов. Экур рассматривался как место суда и место, откуда издаются божественные законы бога Энлиля. Вокруг этого храма Экура и возник Ниппур. Физическая структура Экура включала святилища и склады, куда правители других городов приносили подношения. Среди них были святилища жены бога Энлиля (Господин Ветра), Нинлиль (Хозяйка Ветра) и их сыновей Нанны и Нинурты, а также дом визиря Нуски и любовницы Сузианны.
Вавилонская клинописная табличка с картой Ниппура. 1550–1450 гг. до н. э.
Центр Ниппура, храмовый комплекс, сочетал в себе зал собраний, хижину для плугов, высокую лестницу у подножия холма, который некоторые считают тюрьмой или пропастью. Также упоминаются различные ворота, такие как ворота, «где не срезали зерно», «высокие ворота», «ворота мира» и «ворота суда», а также дренажные каналы. Упоминаются и другие места, такие как многоэтажная «гигуна» среди прочих, которая оказалась непонятной даже современным учёным. В гимне Урнинурте упоминается дерево, которое возвышается во дворе Экура. Экур был известен тем, что внушал людям страх, ужас и панику, особенно среди злых и невежественных людей.
Вся жизнь города Ниппур связана с храмовым комплексом и служением ему. Здесь переписывались храмовые списки для всего Шумера. Даже «Царские списки» были написаны в Экуре, в них писцы использовали записи древних правителей, здесь находился какой-то храмовый архив, выписки из которого заказывали правители-эны разных городов. Также они заказывали в Ниппуре гимны в честь своих богов. В городе была высшая школа для писцов – э-дубе. В Ниппуре переписывались и сводились в каноны произведения шумерской литературы: эпические сказки, молитвы, гимны, пословицы, списки клинописных знаков и терминов, математические задачи.
Тротуары отходили от зиккурата крестообразно. Они были вымощены большими кирпичами квадратной формы, которые были скреплены кусочками керамики. Тротуары простирались на 2,4 метра ниже фундамента зиккурата и на расстоянии 12 метров от него. Они соединялись с самой нижней ступенью зиккурата, которая защищала фундамент от дождя. Согласно данным археологических исследований, прямоугольный храм Энлиля имел размеры примерно 45 на 21 м. Он был построен с одним входом на северо-восточной стене и одним входом на юго-западной стене.
Ниппур неоднократно брали захватчики, но всё равно он удерживал статус культового города. При вавилонянах он был в немилости, но при сменивших их касситах опять восстановлен в своём великолепии. Также были найдены дары от нескольких более поздних касситских правителей. В парфянском слое была обнаружена шкатулка с фрагментами стеклянных топоров, которые предназначались для бога Энлиля.
В период Селевкидов древний храм был превращён в крепость (Ниппур). По краям древней террасы были возведены огромные стены. Дворы храма были заполнены домами и улицами. Сам зиккурат был надстроен крестообразной формой и превратился в акрополь для крепости.
Ниппур оставался населённым во времена ислама и упоминался ранними мусульманскими географами под названием Ниффар.