Несмотря на прошлую дружбу с Фрейдом, в адрес Юнга не раз звучали обвинения в антисемитизме. Его также критиковали за якобы проявленные симпатии к нацизму и сотрудничество с нацистским режимом. Основанием для подобных утверждений стали, в основном, неоднозначные заявления, сделанные Юнгом в период с 1933 по 1936 год, а также статья 1918 года, в которой он попытался проанализировать различия между еврейской и немецкой психикой. Юнг, развивая свою теорию коллективного бессознательного, стремился показать, что разные народы унаследовали различные архетипические структуры. Однако спустя десятилетие эта мысль была вырвана из контекста и использована нацистами в пропагандистских целях. При этом они опустили упоминающиеся у Юнга «варварские черты» германской души, проявившиеся во время Первой мировой войны.
Сам Юнг настаивал, что его слова были искажены и неправильно истолкованы и к расовой идеологии Третьего рейха он не имел никакого отношения. Тем не менее репутационный урон уже был нанесен. Одним из ключевых эпизодов, подпитывающих критику, стала его краткая профессиональная связь с Маттиасом Герингом – президентом Германского психотерапевтического общества и двоюродным братом рейхсмаршала Германа Геринга. Геринг, как следует из биографии Юнга, написанной Дейдрой Бэйр, без ведома самого ученого использовал его имя в ряде официальных заявлений, содержащих пронацистскую риторику. Это привело Юнга в ярость: он последовательно выступал за сохранение доступа к профессии для еврейских специалистов, которых в нацистской Германии систематически отстраняли от работы.
Как показало расследование Бэйр, Юнг не только не сотрудничал с нацистами, но и был в курсе нескольких попыток свержения Гитлера. Он не принимал участия в заговорах напрямую, но, по некоторым сведениям, консультировал их участников и поддерживал планы, направленные на то, чтобы признать Гитлера душевнобольным. Увы, эти усилия не привели к результату.
Кроме того, во время Второй мировой войны Юнг был тайным агентом американского Управления стратегических служб (предшественника ЦРУ), где фигурировал под кодовым именем «Агент 488». Его задачами были составление психологических портретов лидеров нацистской Германии и анализ идеологии Третьего рейха. Эти материалы передавались американским спецслужбам для разработки стратегий взаимодействия с противником. Его куратор, Аллен Даллес, впоследствии говорил, что, вероятно, никто и никогда не узнает, какой вклад профессор Юнг внес в победу союзников.
Аналитическая психология нашла неожиданное применение в разгар Второй мировой войны: именно эта отрасль науки помогала Юнгу в создании психологических досье на высших руководителей нацистской Германии. По сути, он стал одним из первых, кто использовал психоанализ в стратегии безопасности
Эмма Юнг, в девичестве Раушенбах, 1911 год
Сторонники Юнга утверждают, что его участие в интеллектуальной жизни Германии 1930-х годов не должно быть приравнено к коллаборационизму. Они признают, что ему можно вменить в вину излишнюю сдержанность и неосторожность формулировок, однако обвинения в пособничестве нацистам, по их мнению, безосновательны. В то же время критики продолжают указывать на факты, которые, по их мнению, свидетельствуют о компромиссе с режимом: участие в конференциях в нацистской Германии, общение с представителями власти и готовность выступать в роли официального лица в неблагоприятной политической обстановке.
Таким образом, вопрос об отношении Юнга к нацизму остается дискуссионным. Архивные документы, мемуары и свидетельства современников не дают однозначного ответа. Однако очевидно одно: Юнг был сложной и противоречивой фигурой, чьи философские и психологические изыскания не укладываются в рамки политической оценки.