Поскольку в те годы в армиях некоторых стран испытывались новые средства вооружения, родилось подозрение, что сообщения о непонятных явлениях в атмосфере могут быть связаны именно с этим. В 1948 году военно-воздушные силы США начали сбор и систематизацию сообщений об НЛО, чтобы выяснить их военное значение. К этой работе привлекли гражданских ученых и инженеров. Несколько раз проводился анализ собранных фактов и были подготовлены заключения для ЦРУ и руководства армии США. Эта работа, известная как проект «Синяя книга», продолжалась с разной степенью активности до 1969 года. Сначала она была секретной, а затем стала открытой для общественности.
В июле 1952 года несколько сообщений о визуальных и радарных наблюдениях НЛО вблизи Национального аэропорта города Вашингтон вызвали большой резонанс. Учитывая внимание общественности и правительства к этим сообщениям, ЦРУ направило инструкции по сбору данных в армию и разведку. А также создало группу экспертов, состоящую из инженеров, метеорологов, физиков и астрономов под руководством физика Х. Робертсона (Калифорнийский технологический институт) для анализа поступающих сообщений.
Изучив собранные факты, специалисты пришли к выводу, что около 90 % сообщений об НЛО имеют либо астрономическое, либо метеорологическое объяснение. Подавляющее большинство из них связано с наблюдением Луны и ярких планет (особенно Венеры), облаков и полярных сияний, птиц, самолетов, аэростатов, ракет, метеоров, прожекторов и других явлений, понятных для профессионалов, но происходивших в необычных условиях или наблюдавшихся недостаточно квалифицированными очевидцами. Один из членов комиссии, известный американский астроном Дональд Мензел, опубликовал в 1953 году книгу Flying Saucers, в которой популярно разъяснил многие сообщения об НЛО на основе упомянутых выше явлений. На русском языке эта книга тоже опубликована (Мензел, 1962).
Однако газеты и телевидение продолжали публиковать сообщения об НЛО. Интерес особенно возрос в первые годы космической эры, начиная с 1957 года. Из США он перекинулся в Западную Европу, СССР, Австралию и другие страны. Вторая комиссия по изучению сообщений об НЛО работала в США в феврале 1966 года и пришла к таким же выводам, как и первая. Однако некоторые учёные и инженеры остались неудовлетворены работой этих комиссий.
Особенно активными противниками «естественной» гипотезы об НЛО были метеоролог Джеймс Макдональд и астроном Аллен Хайнек. Они считали, что некоторые сообщения об НЛО ясно указывают на деятельность пришельцев. Нужно заметить, что в середине 1960-х, после первых полетов в космос и в период подготовки экспедиций на Луну, наблюдался всеобщий всплеск интереса к космонавтике и поиску внеземных цивилизаций.
Шумиха, поднятая в газетах по поводу внеземного происхождения НЛО, встретила жесткий отпор большинства ученых. В 1968 году по заказу ВВС США Колорадский университет организовал группу из 37 экспертов под руководством крупного физика и специалиста по атомной энергии Эдварда Кондона. Их отчёт «Научное исследование НЛО» был рассмотрен специальным комитетом Национальной академии наук США и опубликован в начале 1969 года. В нем подробно проанализированы 59 сообщений об НЛО. В заключении отчёта Кондон категорически отвергает «внеземную гипотезу» и рекомендует прекратить дальнейшее изучение проблемы.
К этому времени в архиве проекта «Синяя книга» собралось 12 618 сообщений очевидцев НЛО. Все они были либо идентифицированы с одним из известных астрономических, атмосферных или искусственных явлений, либо остались неидентифицированы (часто по причине малой информативности сообщения). На основании доклада Кондона проект «Синяя книга» был закрыт в декабре 1969 года.
Единственным официальным и достаточно полным архивом сообщений об НЛО остался тогда канадский, содержавший около 750 сообщений и переданный в 1968 году из Министерства обороны в Научный совет Канады. Сравнительно небольшие архивы имелись в официальных учреждениях Великобритании, Швеции, Дании, Австралии и Греции.
В целом к таким же выводам, как комиссия Кондона, пришли и другие государственные комиссии, изучавшие сообщения об НЛО. Во Франции это была Группа изучения неопознанных аэрокосмических явлений, работавшая с 1977 года. В СССР этот вывод был сделан группой экспертов, работавших по теме «Сетка» Министерства обороны и Академии наук (1978–1990 годы). Правда, при этом отмечалось, что единичным хорошо документированным наблюдениям НЛО все же не удалось дать исчерпывающее научное объяснение.