Решив вопрос с отменой конца света, Геннадий принялся расследовать деятельность последователей Схарии в Новгороде. С каждым днём фактов накапливалось всё больше. Выяснилось, что многие члены секты были людьми достаточно образованными – по крайней мере, могли читать сложные богословские произведения. Геннадий узнал, какими книгами пользуются еретики. Оказалось, что используется двенадцать книг. Все они объединены двумя главными темами – проблемой конца света и критикой догматов церкви. Если первый вопрос Геннадию был уже не интересен, то второй заслуживал подробного изучения, так как был особенно опасен.

Отдельное внимание Геннадия привлёк «Шестокрыл», на страницах которого утверждалась иудейская лента времени. От византийской (от Рождества Христова) её отделяет целых 1748 лет. Выходило, что от Адама прошло 5228 лет, значит, никакого пришествия Христова ещё не было. А это уже было не что иное, как отрицание Христа – самая чёрная еретическая идея.

Помимо «Шестокрыла» и «Логики» новгородские еретики штудировали сочинения Афанасия Александрийского, Дионисия Ареопагита, а также Сильвестра, Папы Римского. Во многих текстах отступников интересовали сведения, что в прошлом критиковались основы церковного учения. Геннадий знал, что книги эти невозможно быстро и легко найти даже в Новгороде. Значит, их доставили еретикам с Запада, возможно, привезли из Литвы.

Затем погляды архиепископа начали массово доносить, что в храмах Новгорода творится что-то странное. Некие жидовины то иконы опрокидывать начинают, то отрывать колоколам языки, а иной раз и вовсе приглашённые блудницы напиваются вином прямо из священных потиров, то есть из чаш для причастия. Новгород словно постепенно впадал в блуд и безумие. И виной тому были дела еретиков.

Поразившись масштабу, с которым распространялась ересь, Геннадий пишет письма другим влиятельным представителям духовенства. Первым, кто вообще узнаёт о существовании странной ереси, был епископ Сарский Прохор. Геннадий пишет ему, как некий поп Наум пришёл и покаялся в том, что состоял в секте, видел у этих мутных людей «тетради всякие», а ещё те молились «по-жидовски». Не получив ответа от Прохора, Геннадий сообщает близкому другу великого московского князя и его жены Софьи Палеолог суздальскому епископу Нифонту, что ему как воздух необходима помощь в расследовании новгородской ереси.

Судя по всему, Нифонт передал информацию куда следует, и вскоре уже сам Иван III ответил Геннадию, что провёл без него собор, на котором кое-каких еретиков из списка новгородского митрополита вывели на чистую воду и даже назначили им казнь. Это были некие Яков и Юрий. Ещё один еретик дьяк Гридя был отослан к самому Геннадию: мол, пусть тот сам выберет наказание. В Новгороде Геннадий побоялся учинить над Гридей казнь, чтобы не прогневать московского князя. Однако Гридю с пристрастием допросили.

Выплевывая выбитые зубы, несчастный Гридя рассказывал множество интересных историй о том, как еретики чинили в городе непотребства. Рассказал, как один подьячий Алексейко снял со стены икону Успения и на неё помочился. Другой, некий крестьянин, вообще нашёл дерево, ветками похожее на крест, и вырезал на нём срамной уд. Затем, сняв штаны, бегал с ним вдоль церковной паперти.

Понимая, что ересь не уничтожена, Геннадий пишет ещё два письма: первое – бывшему Ростовскому архиепископу Иоасафу, второе – в Москву митрополиту Геронтию. У обоих тоже просит помощи. Но, по странному стечению обстоятельств, вскоре после получения писем от Геннадия оба они скоропостижно умерли. Оплакивая в своих поминальных молитвах Иоасафа и Геронтия, Геннадий ещё не знал, что на главный митрополичий престол восходит человек, который вскорости возглавит список еретиков.