Еще будучи лидером НБП, Дугин тяготился рамками одной конкретной идеологии, даже им самим и придуманной. Мало участвуя в организационной стороне дела, он собирал в калейдоскоп самые разные идеи и теории, которые бы стыковались с неизменным ядром его концепции: современный мир обречен на катастрофу, ее переживут только те герои, кто отважится на парадоксальное восстание, посмотрит в глаза смерти или абсолюту и воссоединится с древней сакральной традицией. Это концептуальное ядро он находил в бесконечном множестве текстов. В очередном манифесте Дугин перечислял известные ему способы противостояния современному миру: «Православие (революционное + эзотерически-исихастское), ислам (иранский, шиитский, революционный + суфизм), традиционализм, консервативная революция, национал-большевизм, третий путь, евразийство (+ неоевразийство), Россия, социализм, исламский социализм, национализм, нонконформизм, анархизм справа (и слева), социальная революция, экстремизм, альтернативная геополитика, культурный радикализм, хард-мистицизм, субверсивная контркультура, хард-оккультизм, континентализм (в геополитике), апокалиптический террор, тантризм, дзог-чен, эсхатологизм, новые правые („Nouvelle Droite“ во франко-итальянском, а не „new right“ в англосаксонском смысле), новые левые, антикапитализм, революционный синдикализм, последняя империя, новый эон, страшный суд и еще несколько синонимов». Каждый год синонимов становилось все больше, а Дугин находил способ перегруппироваться и сфокусироваться на наиболее продуктивной идее. Для его потенциальных союзников из власти сработала ставка на геополитику.

В начале 1990-х благодаря Проханову и газете «День» Дугин познакомился с несколькими высокопоставленными военными. Сильнее всего он сблизился с группой интеллектуалов из Военной академии Генерального штаба: начальником академии Игорем Родионовым и главами нескольких кафедр. В постсоветской ситуации, когда армия внезапно осталась без государственной идеологии, они искали, на какую теорию опереться, и Дугин оказался незаменимым собеседником. К выходу первого номера «Элементов» он организовал круглый стол с генералами из академии Генштаба и французскими правыми радикалами Аленом де Бенуа и Жаном Лалу, где они обсуждали план США по «мирному порабощению» Европы и то, как важно не пустить американцев в Украину. В статье «От сакральной географии к геополитике» он помещал дискуссию в Генштабе в общий теоретический контекст, доказывая, что историю творят цивилизации, которые определены своим ландшафтом. На место закономерностей марксистской классовой борьбы Дугин ставил географию: из-за самого своего местоположения Россия обречена быть империей суши и воевать с империей воды — США. Геополитические идеи Дугина хорошо ложились на подготовленную почву: воспитанные в духе государственничества и имперской экспансии советские военные готовились к тому, чтобы вести войну чуть ли не на всей территории земного шара.

В середине 1990-х Дугин дважды в месяц читал лекции в академии Генштаба. Начальник академии Родионов рассказывал, что его несколько раз вызывал министр обороны Шапошников и спрашивал, что Дугин делает в академии, но повлиять на это никак не мог. В 1996 году Родионов сам стал министром обороны, а через год Дугин обобщил свою теорию в книге «Основы геополитики». Предисловие к ее изданию 1998 года написал один из генералов.

«Основы геополитики» показали способность Дугина с легкостью адаптироваться к языку собеседников. Основное содержание книги мало чем отличалось от его конспирологической статьи «Великая война континентов», просто оно было изложено с помощью другого понятийного аппарата. В книге Дугин отказывался от мистицизма и эсхатологического пафоса и старательно вписывал свои построения во внешнеполитический контекст. Благодаря этому геополитика представала как респектабельная наука, распространенная во всей Западной Европе и Америке. Он также умело воспользовался популярностью работы Самуэля Хантингтона «Столкновение цивилизаций» и представил того как главного геополитического теоретика «атлантистов». Другим козырем Дугина стало принятое в 1997 году решение НАТО начать расширение на Восток и пригласить в свой состав Венгрию, Чехию и Польшу, а также подписать хартию об особом партнерстве с Украиной. Даже Ельцин воспринял эти решения как угрозу, не говоря уже об армейском руководстве.

В «Основах геополитики» Дугин отвел Украине особое место. «Суверенитет Украины представляет собой настолько негативное для русской геополитики явление, что, в принципе, легко может спровоцировать вооруженный конфликт», — писал он. С точки зрения дугинской геополитики, существование независимой Украины делает любые притязания России на статус евразийской империи абсурдными. Учитывая, что империя — единственная, по его мнению, форма существования России, это превращает украинский вопрос в экзистенциальный. Более того, Дугин описывал действия Запада в Украине как уже состоявшийся акт агрессии. «Украинская проблема — главная и самая серьезная проблема, которая стоит перед Москвой. <…> „Украинский вопрос“ требует от Москвы немедленных ответных мер, поскольку речь идет о нанесении России уже в настоящем стратегического удара, не реагировать на который „географическая ось истории“ просто не имеет права».

«Основы геополитики» раскупили читатели. Популярность книги помогла Дугину добиться того, что у него не вышло с НБП — попасть в большую политику. В 1998 году спикер Государственной думы коммунист Геннадий Селезнев пригласил его стать своим советником. «Если и есть какой-то ощутимый и видимый успех <…>, так это наше влияние на руководство страны вплоть до Путина, Шойгу <…> и некоторых персонажей в окружении Ельцина, на генералитет, Генштаб и спецслужбы», — писал Дугин, привычно преувеличивая свою значимость.

Чтобы не испортить имидж респектабельного геополитика, он поспешил избавиться от наиболее очевидных следов своего увлечения фашизмом. По словам Лимонова, в этот момент Дугин сжег на даче портреты фашистских мыслителей и другие компрометирующие его материалы. Позже он удалил из электронной версии и переиздания своей книги «Тамплиеры пролетариата» статью «Фашизм безграничный и красный». В ней он предрекал ослепительную зарю «новой Русской Революции, фашизм безграничный, как наши земли, и красный, как наша кровь». Больше он не мог себе позволить пользоваться таким словарем.