В июне 1919 г. Потанин поступил в клинику Томского университета с воспалением легких. Спустя некоторое время после излечения выписан.

22 августа 1919 года в газете «Сибирская жизнь» (главным редактором которой на тот момент был Александр Васильевич Андрианов, единомышленник и ученик Потанина, путешественник и публицист, впоследствии расстрелянный большевиками), за подписью Г. Н. Потанина, опубликовано воззвание «К оружию, граждане!»:

«Банды большевистские у ворот. Нет, они уже сломали ворота! Озверевшие, озлобленные, беспощадные, в крови и огне ворвались в Родную Сибирь. Наши войска, наши защитники, сыновья, мужья, отцы изнемогают в усилиях сдержать их. Опасность великая и смертельная грозит нашей стране, нашим семьям и нашему государству. Сдержать или умереть? Иного выхода нет. Мы все это должны сознавать, должны дружно откликнуться на призыв Правительства – идти в ряды защитников Родины…».

Потанин дожил до рождения в России политического чудовища, пришедшего к власти в том числе благодаря ему и другим разночинцам, ратовавшим за свержение монархии. Он, доживший до большевистского переворота, испытал самое сильное потрясение своей жизни после смерти жены, а затем друга, убедившись в том, что революция – это фарс, замешенный на насилии и душегубстве.

В ноябре 1919 года у Потанина произошло кровоизлияние в мозг и он вновь попадает в клинику. По свидетельству очевидцев мысль и речь у него ослабели. В клинику он взял с собой «Сагу о цаpe Соломоне» и «Ёрке, сын неба Северной Азии», порой просил прочесть ему главки из этих книжек.