Семья Лаврских осталась без средств к существованию после кончины главы семейства в 1861 году. Чтобы прокормить семью, восемнадцатилетняя Александра начинает давать частные уроки, что можно считать началом ее преподавательской деятельности. По существующему тогда в РПЦ сословному обычаю, отцовский приход должен был перейти к ее мужу, то есть она стала, как тогда говорили «невестой с местом». А поскольку мужа или жениха у восемнадцатилетней барышни не было, на помощь пришел, согласившийся стать настоятелем храма после почившего отца, старший брат, отец Валериан, в семье которого она прожила последующие почти тринадцать лет, до венчания.
19 февраля 1861 года вышел манифест об отмене крепостного права, что привело к негативной реакции по всей стране. За 1861 год в стране произошло 1176 крестьянских бунтов.
Потанин написал Николаю Гавриловичу Чернышевскому, одному из вдохновителей революционного и народовольческого движения, будущего автора романа «Что делать?», но не был понят, Чернышевского не тронула сибирская тема.
Для овладения методикой определения растений Семенов рекомендовал Потанину купить четырехтомник Карла Христиана Фридриха Ледебура «Русская флора», который стоил 24 рубля. Исключив из рациона вареный картофель, откладывая редкие гонорары, Потанин приобрел четырехтомник. На третье студенческое лето со своим однокашником, которого Потанин вдохновил на занятия ботаникой, товарищи поехали на Оку близ Калуги, в деревню Воровую, где два месяца собирали и определяли местные растения по Ледебуру.
Реформа образования привела осенью 1861 года к всплеску студенческих волнений, формальной причиной которых было принятие 31 мая того же года «Правил о некоторых преобразованиях по университетам», по факту направленных против разночинной, то есть беднейшей части студенчества. По новым правилам в новом учебном году от платы освобождались только по два студента от каждой губернии, входящей в учебный округ, чуть больше десяти процентов слушателей, хотя в 1859 году, то есть в год поступления Потанина в университет, бесплатно учились почти семьдесят процентов студентов. Новые установления запрещали также студенческие сходки, кассы взаимопомощи и даже студенческие библиотеки. Студенческие волнения и протесты начались после летних каникул. 24 сентября 1861 года университет был закрыт. Волнения завершись 2 октября, после массовых арестов. За участие в студенческих сходках, как «более других замеченный в дерзости», Потанин арестован, и в числе около трехсот студентов заключен в Петропавловскую крепость, где просидел с 18 октября по 7 декабря. Хладнокровие, настойчивость в отказе от предъявленных обвинений, сняли с Потанина, не признавшего себя виноватым, большинство подозрений.
Как и другим задержанным сибирякам, Потанину было предписано возвратиться в места прежнего проживания, с автоматическим исключением из университета. После петропавловских казематов, Потанина не вдруг отпустила революционная лихорадка мгновенных преобразований. Он даже обсуждал с сибиряками, членами организации «Земля и воля», идею создания уральского и сибирского отделений организации. Но судьба или инстинкт самосохранения уберегли Потанина от пути насилия и террора.