В таннайский период существовало два основных принципа обучения, получивших название мишна и мидраш. До сих пор не закончен давний спор о том, какой из двух методов возник первым. Мишна представляет собой изучение абстрактных и безусловных юридических принципов, не сопровождаемых объяснениями или ссылками на библейские источники. Лишь со временем эти принципы были систематизированы, изложены литературно, атрибутированы. В конце концов предметно-тематическая организация стала наиболее распространенной и привела к созданию текста, известного как Мишна. Однако в Мишне еще заметны следы предшествующих систем организации материала. В соответствии с методом Мишны мудрецы сообщали свои законодательные решения или решения своих предшественников, не обосновывая их отсылкой к традиции или к Священному Писанию и не объясняя причин, приведших к таким решениям.
Метод мидраша основывается на объяснении Священного Писания и прежде всего Торы, которая считалась наиболее авторитетным текстом. Мудрецы и их ученики объясняли с его помощью, каким образом на основании библейских стихов или слов могут быть выведены те или иные законы и как эти законы должны применяться на практике.
Какой же из этих методов возник первым? Уже в конце библейского периода, то есть в персидскую эпоху (Книги Эзры, Неемии и Книги Хроник), существуют свидетельства того, что выведение с помощью мидраша правовых постановлений (мидраш галаха) становилось все более распространенным явлением. Нераввинистические источники, включая материалы кумранской секты и некоторых других групп, дают основание полагать, что в эпоху Второго Храма интерпретация Писания являлась основой законодательства. Несложно представить себе логическое развитие от метода мидраша к методу мишны, но обратный процесс не получил до сих пор достаточного объяснения. Все говорит в пользу мнения, что изначально основным методом являлось изучение Библии, а метод Мишны получил свое развитие уже позднее.
В целом история обоих методов может быть прослежена следующим образом. После завершения библейского периода фарисеи переняли приемы мидраша, обнаруживаемые уже в поздних библейских книгах. Как становится понятно из свитков Мертвого моря, другие группы в период Второго Храма использовали схожие методы библейской экзегезы. По мере того как техника мидраша получала все большее развитие в фарисейских кругах, количество внебиблейского материала продолжало расти, пока, наконец сами законы не стали формулироваться в сжатой форме и независимо от Священного Писания. Этот тип законов, похожих по своей структуре на Мишну, стал, по мере развития традиции, изучаться независимо и наряду с мидрашами. К тому моменту, когда на смену фарисеям пришел иудаизм таннаев, оба метода сосуществовали друг с другом, и оба они были переняты таннаями.
Поскольку оба метода использовались в талмудических академиях, материалы, возникавшие в процессе работы, постоянно разрастались и наслаивались друг на друга. Каждое поколение мудрецов дополняло и изменяло выводы своих предшественников. Смесь старой и новой традиции затем передавалась следующим поколениям, и таким образом развитие никогда не прекращалось. По мере продолжения такой работы материалы мидраша и мишны перемешивались друг с другом и влияли друг на друга, прибегая иногда к прямым заимствованиям. Поздние формулировки законов Мишны испытали на себе влияние библейской интерпретации, и даже в самой Мишне можно встретить примеры мидрашей.
Часто вместо настоящей экзегезы, призванной выводить законы или правовые положения, мидраши использовались для подведения законов Мишны под тот или иной библейский отрывок. Со временем материалы двух этих корпусов переплелись настолько, что в результате сформировалась единая традиция. Таким образом к моменту окончательной редакции таннайских текстов собрания мидрашей и Мишна в целом были согласованы друг с другом. Этому способствовало и то обстоятельство, что, тогда как традиция Мишны более или менее сформировалась в конце I в. н.э. при рабби Иуде Патриархе, редакция мидрашей затянулась до V в.