Каковы же были отношения между евреями и христианами после того, как между ними произошел окончательный разрыв? В нашем распоряжении имеются несколько видов источников, которые говорят об ухудшении этих отношений и росте взаимной враждебности. Первое время после раскола было отмечено взаимным интересом и спорами, о чем говорят свидетельства раввинистической литературы и Отцов церкви. Евреи и христиане обсуждали такие вопросы, как библейская интерпретация и степень авторитетности их традиций, но даже в этой литературе нетрудно заметить постоянно возрастающие трения, которым в итоге предстояло сыграть главную роль в отношениях между двумя общинами.

В то же время христиане начинали относиться к своим еврейским соседям все более неприязненно, что было наиболее заметно в Византийской Палестине и, вероятно, было связано с христианизацией империи в IV в. Как отдельные евреи, так и синагоги все чаще становились объектами прямых нападений. Если в более ранний период еще удавалось сохранять мирное сосуществование и относительную стабильность в отношениях друг с другом, то в V—VI вв. было издано большое число антиеврейских законов, согласно которым евреям запрещалось строить новые синагоги и даже изучать «устный закон». Образ еврея — убийцы Христа получал все большее распространение, а нападки на иудаизм стали нормой в христианских проповедях. В то же самое время внутри христианской церкви начались гонения против групп, обвиненных в «иудео-христианстве».

Последние являлись иудействующими христианами, язычниками, рассматривавшими соблюдение предписаний иудаизма как неотъемлемую часть христианства, что объяснялось их верой в непреходящий авторитет Ветхого Завета. Эта точка зрения, которую церковь объявила еретической, не должна рассматриваться как прямое продолжение ранней иудео-христианской церкви Иерусалима. Скорее мы имеем дело с представителями нового движения, старавшимися имитировать то, чем по их представлениям была ранняя церковь. С галахической точки зрения последователи этого направления не были евреями. Старая форма иудео-христианства исчезла задолго до этого.

К концу периода Мишны и Талмуда христианство приобрело набор антисемитских предрассудков, которым предстояло определять его отношения с евреями на протяжении всего средневековья. Евреи могли найти утешение лишь во внутреннем осознании своей правоты и вере в то, что их страдания прекратятся с приходом Мессии. Тем не менее только с наступлением средних веков насилие, которое обычно ассоциируется с антииудаизмом, стало по-настоящему заметным фактором.