Источники для изучения иудаизма в рассматриваемый период многочисленны и разнообразны. При этом они содержат в себе множество проблем, которые необходимо учитывать при историческом исследовании. Первая проблема заключается в том, что при любом изучении иудаизма поздней античности источники сами являются предметом исследования. История иудаизма часто проясняется через способы составления и передачи его текстов и через отношение к текстам возникающей традиции. Например, использование устной, а не письменной системы передачи, атрибутирование отдельных утверждений конкретным лицам и другие подобные методы свидетельствуют о концептуальных и теологических взглядах их авторов и составителей. Поэтому те самые источники, которые мы используем как свидетельства для нашего исследования, отражают определенные этапы в истории иудаизма. Таким образом, перед тем как какой-либо источник может быть использован, он должен быть критически проанализирован и степень его надежности должна быть внимательно оценена.

Следует учитывать, что многие источники не поддаются точной датировке. В некоторых случаях нельзя точно определить, в какой из различных еврейских групп данного периода возник рассматриваемый текст. Когда точное происхождение источника не установлено, что бывает довольно часто, затруднительно определить степень, в которой авторские предубеждения или верования могут отразиться на тексте.

И наконец, еще одна сложность состоит в том, что изложение истории иудаизма не входило в первоначальную задачу ни одного из этих источников. Тексты описывают верования и практику последователей той или иной разновидности иудаизма, часто полемизирующих со своими оппонентами, изнутри. Ученый исследователь должен выделять в многоликости своих источников тот материал, который отвечает на стоящие перед ним вопросы и учитывать, что эти вопросы радикально отличаются от тех, которые задавали авторы этих источников и на которые они пытались ответить.