Осенью 539 г. до н.э. Кир II Великий, будучи уже к этому времени царем Персии и Мидии, разгромил вавилонскую армию и подчинил себе всю Месопотамию. Он немедленно повел политику, которая стала характерной для его правления: поощрение репатриации депортированных народов и восстановления храмов. Такая благосклонность мотивировалась как личными чертами характера этого монарха, так и необходимостью управлять большой и разноплеменной империей.

В 538 г. до н.э. Кир издал указ о восстановлении еврейского Храма в Иерусалиме и возвращении тех изгнанников, которые этого пожелают, в Иудею, персидскую провинцию Йахуд. С этого указа начался период Второго Храма, известный также как период Второй Общины. Восхождение на престол Кира и падение Вавилона рассматривались евреями как действие божественного Провидения. Тогда, как и в наше время, поселение в земле Израиля было уделом избранного меньшинства, однако евреи диаспоры оказывали финансовую и моральную поддержку вновь восстановленной общине.

С началом персидского периода к власти пришел новый тип бюрократии. Несмотря на то, что время от времени в отношениях иудеев с правительством возникала напряженность, евреи по всей империи имели возможность продвигаться по гражданской службе и даже формировать военные подразделения, которые были развернуты на границах Персидского государства. За время персидского правления Иерусалим был заново отстроен, а ритуал Храма — восстановлен. Последнее, и самое важное — первосвященнику была дарована не только религиозная, но и светская власть.

Мало что известно о периоде между восстановлением Иерусалима при Эзре и Неемии в VI в. до н.э. и приходом Александра Великого в IV в., но неполнота библейской картины этой эпохи компенсируется археологическими свидетельствами. Места раскопок в Северной Палестине, особенно на прибрежной равнине, демонстрируют сильное финикийское влияние, наиболее очевидное в строительстве жилья. В то же время многие южные поселения отражают сильное эгейское воздействие. По сути, это влияние постоянно возрастало на протяжении веков, предшествовавших персидскому периоду. В изобилии обнаружена керамика, импортировавшаяся из эллинского мира. Наиболее важно то, что прослеживается почти полная зависимость от аттических (афинских) стандартов в чеканке монет. Таким образом, очевидно, что эллинистическое влияние уже ощущалось по всей стране.

Другие свидетельства показывают, что Иудея в начале этого периода была независимой провинцией. Самария на севере также была отдельной административной единицей. Подати натуральными продуктами собирались и распределялись посредством сложной бюрократической системы. Обнаружение в Египте переписки между еврейским гарнизоном Элефантины (сейчас — Асуан на Ниле) и властителями Иудеи и Самарии привело к осознанию того, что религиозный синкретизм все еще существовал в ту эпоху. С другой стороны, в этот период начинается процесс стандартизации многих областей еврейского законодательства.