Талмуды (Гемары) представляют собой сложные тексты, изначально возникшие в устной форме во время учебных сессий амораев. Порядок этих сессий определялся трактатами Мишны. В Вавилонии и Палестине для детального изучения выбирались разные трактаты, различия в выборе тем существовали даже между отдельными вавилонскими и палестинскими школами. Несмотря на то что сложный редакторский процесс (благодаря которому до нас и дошли фрагменты этих дискуссий) не позволяет с уверенностью судить об их содержании, ясно, что главным предметом дискуссий служили трактаты Мишны. Лишь изредка амораи выбирали барайту (барайта, мн. ч. барайтот — таннайская традиция, не вошедшая в Мишну) или случайно процитированный отрывок из Мишны в качестве основы для последующего обсуждения. В большинстве случаев структура Талмудов определялась Мишной.
Во времена амораев Мишна изучалась устно. Человек, обязанностью которого было профессиональное запоминание текстов (в эпоху амораев его называли танна, т.е. учитель Мишны и барайтот), декламировал вслух текст, предназначенный для последующего изучения. Затем следовали обсуждение и анализ отрывка, сравнение его с другими таннайскими традициями, включая материал Мишны и барайты, что, в свою очередь, вело к всевозможным отступлениям, к комментариям и глоссам различных амораев на обсуждаемые тексты. Многие отступления были весьма продолжительными и включали иногда аггадический анализ относящегося (или не относящегося) к теме библейского материала. Свободная манера многих из записанных дискуссий, которые зачастую сильно отклоняются от непосредственно обсуждаемой темы, является важным свидетельством того, что они действительно происходили, а не были изобретены позднейшими компиляторами.
Обычно аморайское обсуждение Мишны начиналось с указания на противоречие с другой Мишной или барайтой, затем следовали попытки это противоречие разрешить. Изначально главная задача Талмуда как раз и состояла в устранении противоречий в материалах таннаев. Именно в этом смысле таннайские источники (и один запутанный отрывок в свитках Мертвого моря) говорят о «Талмуде» еще до завершения редакции Мишны и ее принятия в качестве основы для изучения раввинистической традиции. Разрешения противоречия между Мишной и барайтой часто служит отправным пунктом для более детального обсуждения закона.
Анализ библейского источника (или подтверждения) для того или иного закона составляет другой важный аспект аморайской деятельности. Мишна, чьи установления почти лишены библейских обоснований, оторвала закон от его библейских корней. Амораи и позднейшие редакторы галахических мидрашей (так называемые таннайские мидраши) пытались вновь объединить закон и Писание и показать, что устная и письменная Тора составляет единое божественное откровение.
Если бы этим дело и ограничилось, структура Талмудов была бы намного проще, но описанные процессы продолжались на протяжении нескольких поколений, даже веков. Это привело к постепенному возникновению того, что принято называть сугиот, — талмудических дискуссий или эссе на ту или иную тему. По мере передачи этих дискуссий из поколения в поколение, от одной школы к другой, они обрастали комментариями и глоссами. Данный процесс продолжался как в Палестине, так и в Вавилонии до V в., когда развитие Палестинского Талмуда фактически прекратилось в результате антиеврейского законодательства, а также экономических и социальных трудностей, с которыми евреи Палестины столкнулись в период византийского правления.
В то же время в Вавилонии зарождавшийся Талмуд претерпел дальнейшие изменения. В его текст были включены сетам, анонимные дискуссии, которые связали в единое целое весь предшествующий материал. В результате Вавилонский Талмуд стал более развернутым и понятным, что явилось одной из причин его популярности и авторитетности в последующие века. Редакторам, включившим эти анонимные пояснения и глоссы, принадлежат также некоторые более обширные добавления, а, кроме того, вводные фразы, позволяющие нам идентифицировать Мишну, барайту и высказывания отдельных амораев. До начала V в. большинство высказываний, вошедших в Талмуд, приписывались конкретным рабби. Затем большая часть материалов стала анонимной, и ее главной задачей было заполнение пробелов и создание связного и осмысленного текста. Палестинский Талмуд содержит в себе очень незначительную часть анонимных материалов, так как в V в. активность его авторов сошла на нет. Зато в Вавилонии, где деятельность по созданию Талмуда продолжалась, анонимные редакторы сделали свое дело, и на смену им пришли савораим, «интерпретаторы», добавившие последние штрихи, включая галахические добавления типа «закон в соответствии с...» и некоторые лингвистические разъяснения. Их работа продолжалась до VII в.
Хотя нам известно, что некоторые амораи вели индивидуальные записи, официальная деятельность амораев, как и их таннайских предшественников, осуществлялась в устной форме. Существует очень мало информации о том, когда и как были записаны оба Талмуда, настолько мало, что невозможно сделать какие-либо определенные выводы о самом этом процессе. Можно лишь констатировать, что собственно рукописи Вавилонского и Палестинского Талмуда впервые упоминаются только после исламского завоевания и их переписывание продолжалось на протяжении всего средневековья, вплоть до появления печатных книг.