Зачастую сталкеры сколачивают небольшие группы для походов в Зону. За каждой из них обычно следят силы безопасности. Объединения существуют недолго и быстро распадаются.

Известные группы сталкеров: «Метрополь», «Зеленый цветочек», «Варр», «Квазимодо», «Странствующие музыканты», «Воинствующие ангелы», «Воскресная школа». Названия у групп зачастую «говорящие». Варр – напрашивается параллель с Квинтилием Варром, погубившем во времена принципата Октавиана Августа три римских легиона в Тевтобургском лесу. Их поголовно истребили германцы. Из трех легионов никто не ушел живым. Это – горькая ирония, хотя возможно, что именно в этой группе сталкеры гибли особенно часто. Квазимодо – уродливый горбун-звонарь из романа Виктора Гюго «Собор Парижской Богоматери», безнадежно влюбленный в красавицу Эсмеральду.

Наиболее известны две группы сталкеров, преследующие прямо противоположные цели.

«Воинствующие ангелы»

Группа, созданная «анти-сталкером» по прозвищу Гуталин, ставила своей целью пресечь вынос артефактов из Зоны. По мере своих возможностей «Воинствующие ангелы» скупали хабар и уносили его обратно в Зону, где закапывали так, чтобы никто не нашел. После распада группы Гуталин продолжал свое дело практически в одиночку.

«Воскресная школа»

Название демонстрирует фальшивые цели организации. Группа, созданная якобы для выезда на пикники и невинных развлечений туристов (а то и пожилых туристок), на самом деле ставит своей целью обучение новой генерации сталкеров. Группу создал и руководил ею Стервятник-Барбридж. Обученные им сталкеры организовали массовый вынос артефактов из Зоны.