Иногда в окрашенном или неокрашенном препарате можно встретить различные виды грибов.

Дрожжевые грибы рода Candida – почкующиеся клетки и короткие почкующиеся нити псевдомицелия (клетки круглой или овальной формы, псевдомицелий – членистый, ветвистый, споры на нем располагаются мутовками). Наличие этих грибов в мокроте свидетельствует об их активизации, но еще не дает основания для диагноза кандидомикоза, который ставится при учете клинических данных и повторных обнаружениях грибов.

Дрожжевой гриб Criptococcus – возбудитель бластомикоза, имеет вид круглых, частью почкующихся клеток с довольно толстыми двухконтурными стенками.

Плесневый гриб из рода Aspergillus имеет вид обрывков широких нитей мицелия и круглых темно-зеленых спор.

Лучистый гриб Actinomyces встречается в мокроте при поражении легких актиномикозом. Для его обнаружения из мокроты выделяют очень мелкие желтоватые и серовато-белые с зеленым оттенком зернышки, представляющие друзы лучистого гриба, и исследуют под микроскопом. При большом увеличении центральная часть друзы состоит из густого компактного сплетения тонких ветвящихся нитей мицелия с пигментированными зернами, по периферии клубок мицелия окружен зоной из булавовидных образований со вздутиями на концах, сильно преломляющих свет. Эти образования расположены частоколом и сообщают друзе лучистое строение. При окраске по Граму нити мицелия окрашиваются в синий цвет, а колбы – в розовый; при окраске по Цилю—Нильсену колбы приобретают красный цвет. Решающую роль в диагностике поражения легких при глубоких микозах играют посев мокроты (и бронхиального содержимого) на специальные питательные среды и серологические методы диагностики.