В армии тоже вовсю шла чистка. За подписями Ленина, Сталина и Крыленко с поста временно исполняющего обязанности главковерха был уволен генерал Духонин.

Никаких войск в расположенной в Могилеве Ставке и вокруг нее не было и никакого сопротивления силой новому главковерху Ставка оказывать не собиралась. Офицеры были намерены покинуть службу в Ставке по прибытии Крыленко и взять переводы в действующую армию.

В результате приказа Ленина арестовывать несогласных с объявлением перемирия с немцами лиц командного состава фронту грозило полное обезглавливание. Ближайший тыл фронта горел. Шли погромы. Штаб фронта пытался войти в соглашение с революционным комитетом на платформе поддержания и сохранения порядка на фронте, но попытка эта успеха не имела.

Через несколько дней, 20 ноября, после прибытия в Ставку его сменщика прапорщика Крыленко генерал Духонин был зверски убит сопровождавшими нового главковерха революционными матросами. В ночь накануне убийства генералы Корнилов, Деникин, Марков и ряд других совершили побег. Поддержанные несколькими сотнями вставших под их командование текинцев они двинулись походным порядком на юг. Известие о бегстве генерала Корнилова произвело большое впечатление в Совете Народных Комиссаров, и именно им большевики объяснили расправу над Духониным. Быховские узники, не веря в благородство противника, в которое наивно верил покойный генерал, не дождались самосуда над собой и бежали из места своего заключения. Это бегство «возбудило толпу», и она настроилась зверски. Прапорщик Крыленко прямо так и заявлял: «Бегство генерала Корнилова накануне падения ставки было причиной эксцесса». В общем, в том, что матросы с «Авроры» убили Духонина, виноватым был назван Корнилов. Но вернемся на несколько дней назад.