19 апреля 1943 года постановлением СНК СССР № 415–138 ее Управление особых отделов было изъято из ведения НКВД СССР и на его базе были образованы:

1. Главное управление контрразведки «Смерш» Народного комиссариата обороны СССР;

2. Управление контрразведки «Смерш» Народного комиссариата ВМФ СССР;

3. Отдел контрразведки «Смерш» Народного комиссариата внутренних дел СССР;