Уже в первые недели войны резко возросла потребность в военных контрразведчиках. Для решения этой задачи при Высшей школе НКВД СССР 26 июля 1941 года были организованы Курсы подготовки оперативных работников для Особых отделов (приказ НКВД № 00960 от 23 июля 1941 года)[271]. Планировалось набрать 650 человек и обучать их в течение одного месяца. Начальником курсов был назначен по совместительству начальник Высшей школы НКВД комбриг (в приказе он проходит в этом звании, отмененном уже к 1940 году) Никанор Карпович Давыдов. Во время учебы первым слушателям курсов пришлось строить оборонительные сооружения, ловить под Москвой немецких парашютистов.

С 11 августа 1941 года эти курсы были переведены на трехмесячную программу обучения. В сентябре 1941 года 300 выпускников Высшей школы было направлено в подразделения военной контрразведки.

Приказом начальника Высшей школы 28 октября 1941 года к Особый отдел Московского военного округа было направлено 238 выпускников курсов. Последняя группа выпускников курсов в количестве 194 человек была направлена в распоряжение НКВД в декабре 1941 года. Затем Высшая школа была расформирована, потом вновь создана.

В марте 1942 года в Москве был организован филиал Высшей школы НКВД. Там предполагалось обучить 500 человек в течение четырех месяцев. Первый набор был произведен из резерва работников Особого отдела НКВД Московского военного округа. В составе Высшей школы этот филиал находился до июля 1943 года, затем был передан в ГУКР «Смерш» НКО СССР. Всего за время войны Курсы закончили 2417 чекистов, направленных в армию и на флот[272].

Одновременно шла подготовка кадров для Особых отделов и в самой Высшей школе. Так, в 1942 году большая группа выпускников была направлена в распоряжение особого отдела Сталинградского фронта. А всего за время Великой Отечественной войны Высшей школой для Особых отделов было подготовлено 1943 человека[273]. По другим данным — 2417[274].

Кадры для военной контрразведки готовили не только в Москве, но и в регионах. Так, в первые недели войны 3-ми отделами военных округов на базе межкраевых школ НКГБ были созданы краткосрочные курсы для подготовки оперативного состава.

В качестве примера расскажем о том, что происходило в Новосибирской межкраевой школе. 1 июля 1941 года был произведен первый набор — 306 курсантов — командиров и политработников Красной Армии. Учебным планом предусматривалось чтение лекций и проведение практических занятий, главным образом по подбору агентуры, работе по первичным сигналам, делам оперативного учета и отработке основных чекистских документов. В конце июля 1941 года произошел первый выпуск Краткосрочных курсов при Особом отделе НКВД Сибирского военного округа. Именно так теперь официально именовались эти курсы.

На курсы поступали призванные из запаса политработники и командиры Красной Армии и Военно-Морского Флота, разные по возрасту, общеобразовательной и военной подготовке. Отбором кандидатов на учебу занимались Особые отделы внутренних военных округов страны.

В основу обучения на краткосрочных курсах было положено общее знакомство с организацией оперативной работы в войсках. В конце июля 1941 года, после определения степени подготовки, был произведен первый выпуск курсантов. Все они направлялись в распоряжение Особых отделов НКВД фронтов[275].

Второй набор (500 человек, возраст 18–20 лет) на курсы был закончен 29 июля 1941 года. Срок обучения был увеличен до двух месяцев. Все выпускники после окончания обучения были направлены в действующую армию.

В сентябре-октябре 1941 года произведен третий набор — 478 человек. Теперь большинство курсантов — ответственные работники райкомов, обкомов и политработники Красной Армии.

С марта 1942 года время обучение было увеличено до трех месяцев. На курсах одновременно обучалось от 350 до 500 курсантов. Правда, теперь большинство обучающихся — младшие командиры Красной Армии, направленные на учебу управлениями военной контрразведки фронтов [276].

В интересах подготовки оперативных сотрудников для территориальных органов НКВД-УНКВД, а также особых отделов с 17 декабря 1941 г. при Отделе кадров НКВД СССР (с местом дислокации в г. Куйбышеве) были организованы 3-месячные курсы по подготовке оперативного состава в количестве 500 человек.

Для проведения занятий по специальным предметам в качестве лекторов привлекали оперативный состав управлений и отделов НКВД СССР и УНКВД по Куйбышевской области. По военным предметам в качестве преподавателей подбирали лиц из командного состава куйбышевского гарнизона[277].

В мае 1942 года при Особом отделе НКВД Сибирского военного округа были организованы двухмесячные курсы подготовки резерва оперативно-чекистских кадров для Особых отделов НКВД [278]  .

Тогда же при Особом отделе НКВД Краснознаменного Балтийского флота были организованы трехмесячные курсы по подготовке и переподготовке оперативно-чекистских кадров[279].