После передачи в январе 1942 года 3-го управления НКВМФ в состав УОО был организован 9-й отдел — Контрразведка в РККФ.

Структура 9-го отдела (на май 1942 года):

— 1-е отделение (Наркомат ВМФ, Главный Морской штаб, Разведупр ВМФ, части и учреждения ВМФ центрального подчинения);

— 2-е отделение (авиация ВМФ).