22 июня 1941 года вступила в силу Директива 3-го Управления НКО СССР № 34794. В ней главной задачей чекистов в Действующей армии и военных контрразведчиков Дальневосточного фронта (ДВФ) определялось выявление агентуры немецких разведорганов и антисоветских элементов в РККА. Предписывалось «форсировать работу по созданию резидентур и обеспечению их запасными резидентами», не допускать разглашения военнослужащими военной тайны, причем особое внимание следовало обращать на работников штабов и узлов связи[241]. Вот только высока вероятность того, что в частях и соединениях, вступивших в приграничные бои с противником, о ней не узнали. В первые сутки войны отсутствовала связь Ставки со штабами отдельных армий [242].
Структура 3-го Управления и функции отделов утверждены наркомом обороны СССР 22.06.41 года:
— Начальник;
— Заместители (3 чел.);
— Помощник начальника;
— Секретариат;
— 1 отдел — Генштаб, Военная прокуратура, Военные трибуналы, редакция газеты «Красная звезда», Центр. Дом Красной армии, Центр, театр Красной армии, мобилизационные отделы;
— 2 отдел — ВВС, воен. представители;
— 3 отдел — автобронетанковые, техн. войска, арт. снабжение, оборонное строительство, снабжение горючим, воен. представители;
— 4 отдел — санитарно-ветеринарное упр., упр. учебных заведений, управление кадров, Гл. управление ПВО, основные рода войск, руководство работой 3 отделов периферии;
— 5 отдел — органы снабжения Красной армии, строительства и расквартирования;
— 6 отдел — контрразведывательный;
— 7 отдел — негласный состав;
— 8 отдел — шифровальный;
— Следственная часть;
— Отдел оперучета;
— Отдел кадров;
— Административно-хозяйственный отдел;
— Отдел политической пропаганды;
— Тюремное отделение.
27 июня 1941 года 3-е Управление НКО СССР издало Директиву № 35523 «О работе органов 3-го Управления НКО в военное время».
В этом документе были определены основные функции военной контрразведки:
«1) агентурно-оперативная работа:
а) в частях Красной Армии;
б) в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части;
в) среди гражданского окружения;
2) борьба с дезертирством (сотрудники особых отделов входили в состав заградительных отрядов РККА, которые, вопреки распространенному мнению, не имели прямого отношения к органам госбезопасности. — Авт.);
3) работа на территории противника» (первоначально в районе до 100 км от линии фронта, в контакте с органами Разведывательного управления НКО СССР. — Прим. авт.)[243].
Военные контрразведчики должны были находиться как в штабах, обеспечивая режим секретности, так и в первых эшелонах при командных пунктах. Тогда же военные контрразведчики получили право вести следственные действия в отношении военнослужащих и связанных с ними гражданских лиц, при этом санкцию на аресты среднего командного состава они должны были получать от Военного совета армии или фронта, а старшего и высшего начальствующего состава — от наркома обороны.
Началась организация контрразведывательных отделений 3-х отделов военных округов, армий и фронтов, их структура предусматривала наличие трех отделений — по борьбе со шпионажем, националистическими и антисоветскими организациями и антисоветчиками-одиночками.
Военными чекистами были взяты под контроль военные сообщения, доставка военного снаряжения, вооружений и боеприпасов в действующую армию, для чего на железных дорогах были учреждены 3-и отделения, деятельность которых переплеталась (и, видимо, в чем-то дублировала) с органами госбезопасности на транспорте.
В начале июля 1941 года начальник 3-го управления НКО Анатолий Николаевич Михеев приказом наркома обороны Семена Константинович Тимошенко получил право самостоятельно назначать на должности в структуре особых отделов вплоть до заместителей начальников окружных и фронтовых 3-х отделов[244].
Приказом НКО СССР и НКВМФ СССР от 13 июля 1941 года [245] было введено «Положение о военной цензуре воинской почтовой корреспонденции», в котором определены структура, права и обязанности подразделений военной цензуры, методика и техника обработки корреспонденции, а также приведен перечень сведений, являющихся основанием для конфискации отправлений, и в соответствии с которыми сформированы при военно-почтовых сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, военно-почтовых отделениях и военно-почтовых станциях отделения военной цензуры, на укомплектование которых направлены 900 контролеров, переданных 4-м отделом НКГБ СССР (из них для 3-го Управления НКО СССР — 650 контролеров и для 3-го Управления НКВМФ СССР — 250 контролеров).
В системе 3-х управлений НКО и НКВМФ были созданы отделения военной цензуры, находившиеся при штабах частей действующей армии и в тылу при военно-сортировочных пунктах, военно-почтовых базах, отделениях и станциях ВМФ (размещались в служебных помещениях Наркомата связи).
Уже в августе 1941 года военная цензура была передана в ведение 2-го спецотдела НКВД СССР (оперативной техники, во главе со старшим майором ГБ Евгением Петровичем Лапшиным), оперативное руководство продолжали осуществлять армейские, фронтовые и окружные Особые отделы.
Совместным приказом НКО и НКВМФ 15 июля 1941 года 3-и отделы были организованы при ставках главнокомандующих Северо-Западного, Западного и Юго-Западного направлений. Уже через два дня сменилось подчинение армейских органов военной контрразведки, вернувшихся в систему госбезопасности.