В соответствии с договором с союзниками, район Берлина, в котором находился Рейхстаг, становился оккупационной зоной Великобритании. Поэтому вскоре в связи с передислокацией соединений 3-й ударной армии Знамя Победы было снято с купола Рейхстага. Вместо него было поставлено большое красное знамя. В донесении начальника политотдела 150-й стрелковой дивизии подполковника Артюхова командиру 79-го корпуса С. Н. Переверткину сообщалось, что Знамя Победы было снято с Рейхстага 5 мая.
В дальнейшем Знамя Победы находилось в штабе 756-го стрелкового полка, потом хранилось в политотделе 150-й стрелковой дивизии до 19 июня 1945 г. В этот день по распоряжению начальника политотдела дивизии на полотнище была сделана надпись: «150 стр. ордена Кутузова II ст. Идрицк. див.». Надписи «79 C.К.» и «3 У.А. 1 Б.Ф.» были сделаны в этот же день, после того как маршал Жуков распорядился о доставке знамени в Москву на Парад Победы.
Проводы Знамени Победы в Москву состоялись 20 июня 1945 г. на берлинском аэродроме Темпельхоф. На проводах присутствовали участники штурма Рейхстага С. Неустроев, К. Самсонов, И. Сьянов, М. Егоров и М. Кантария. На Центральном аэродроме им. Фрунзе в Москве знамя было встречено помощником коменданта Москвы полковником Н. Гребенщиковым. Роту почетного караула возглавил капитан В. Варенников. Три Героя Советского Союза — знаменосец гвардии старший сержант Ф. А. Шкирев, ассистенты гвардии старшина И. П. Папышев и гвардии старший сержант П. С. Маштаков — составили знаменную группу.
Знамя Победы должны были пронести по Красной площади на Параде Победы. Для этой цели специально тренировался расчет знаменщиков в составе знаменосца Неустроева и его ассистентов Егорова, Кантарии и Береста. Однако у предполагаемого знаменосца Неустроева к 22 годам было пять ранений, а ноги повреждены. В связи с этим, а также в связи с тем, что участниками расчета был продемонстрирован недостаточный уровень строевой подготовки, притом что назначать других знаменосцев не представлялось возможным и было уже поздно, маршал Жуков принял решение знамя не выносить. Поэтому, вопреки распространенному мнению, на Параде Победы Знамени Победы не было.