Следуя своему идеалу доброго правления, Анна взялась за модернизацию своих земель. Это новаторское начинание, призванное укрепить её власть, касалось как управления, так и экономики.

Чтобы успешно управлять герцогством, прежде всего необходимо было улучшить пути сообщения и организовать новые. Так, была построена дорога, соединяющая Мулен с Лионом через Роанн и Лапалис, что дало герцогству экономический толчок благодаря близости к Лионским ярмаркам. Была реконструирована и другая важная дорога, соединяющая две столицы (Мулен в Бурбонне и Риом в Оверни) через Сен-Пурсен, Монферран и Ле-Пюи, как и дороги, связывающие герцогство с Буржем и долиной Луары. Развивались речные пути, ведущие в Тур, Орлеан и даже Париж.

Благодаря этой политике модернизации супруги Бурбонские превратили Мулен в важнейший товарно-перевалочный пункт в сердце королевства, что только способствовало росту влияния их столицы. В то же время герцогиня предприняла меры по наведению порядка на дорогах, борясь с разбойниками и другими нарушителями. Королевским указом 1491 года был назначен специальный прево ответственный за борьбу с бандитизмом на дорогах, а Анна, чтобы предотвратить возможные нападения, напомнила о необходимости содержать в надлежащем порядке городские укрепления. Герцогский указ от 25 августа 1494 года подтвердил обязанность каждого жителя Божоле по очереди нести вахту на стенах замков и городов[204]. Для принцессы Анны, как главы государства, сохранение мира и стабильности было приоритетной задачей.

Герцогская чета не пренебрегала и экономическим развитием своих владений. Об этом свидетельствуют шахты по добыче сульфата железа, меди и цинка в Вальторте (Божоле), которые Пьер Бурбонский и капитул Божё совместно эксплуатировали до 1514 года[205]. Другой пример — использование их лесных владений, расположенных на севере той же сеньории, и введение в 1517 году, по инициативе герцогини, систематической охоты на волков, пожиравших "скот и даже людей"[206]. Наконец, внимание, было уделено и торговле зерном, что было крайне важно в то время, когда голод был обычным явлением. Так, в 1501 году, когда в Божоле свирепствовал голод, Пьер отправил в Мулен аудитора, чтобы продать имеющуюся в запасе пшеницу и разузнать о бедняках, которым должны были предоставить зерно в долг и по более низкой цене. Наконец, чтобы сдержать рост цен и бороться с голодом в своей сеньории, герцог запретил экспорт зерна в Лион, хотя этот запрет вызвал недовольство правительства города на Роне, потребовавшего его отмены. Благодаря этим мерам герцог, как и его жена, стали восприниматься своими подданными как "добрые принцы".

Налогообложение также было одним из основных животрепещущих вопросов. После смерти Пьера в 1503 году герцогиня отправилась в поездку по добрым городам и созвала Провинциальные Штаты, чтобы наладить отношения дружбы и сотрудничества со всеми своими подданными. Поскольку младшая ветвь дома Бурбонов, Монпансье, тоже претендовала на герцогство, Анна постаралась предстать перед людьми во всём своём великолепии и могуществе, чтобы показать кто здесь настоящая и законная герцогиня. Хотя принцесса предоставляла добрым городам льготы и охотно вступалась за них в Парижском Парламенте во время судебных тяжб, она требовала взамен регулярной уплаты налогов, без которых её герцогство не могло ни функционировать, ни просто выжить. Поэтому в сентябре 1513 года она потребовала уплаты налогов, а затем в сентябре 1516 года созвала Провинциальные Штаты в Риоме, чтобы собрать причитающиеся ей подати. В сентябре 1521 года Анна вновь потребовала уплаты задолженностей по налогам, что свидетельствует о трудностях, которые она, несмотря на свою власть, испытывала в отстаивании своих прав[207]. Кроме того, ей пришлось столкнуться с конкуренцией в области налогообложения со стороны королевских чиновников. Так, жители герцогства Овернь предпочитали вести переговоры с королевским бальи, находившимся в Монферране, а не с сенешалем Риома, представлявшим герцогиню[208].

Помимо налогового вопроса, герцогиня пыталась сохранить свои права и привилегии от посягательств королевской власти, которую она сама когда-то помогла укрепить, но чьи интересы теперь шли вразрез с её собственными.