В сюжете бунта герой при необходимости убивает сотрудников и агентов разлагающегося института. В сюжете заговора герой их оберегает. Это не отменяет необходимости с ними бороться, однако убийства он избегает, зная, что они ни в чем не виноваты.

В сюжете бунта весь институт пронизан злодейством. В сюжете заговора злодей использует институт как оружие, втемную используя подчиненных, принадлежащих этому институту, не подозревающих, что ими руководит воплощение зла.

В трилогии Роберта Ладлэма о Борне и в ее экранизации Джейсон Борн идет на все, чтобы не лишать жизни полицейских, которых отправляют его схватить. Они тут ни при чем, они просто пешки. Вполне логично, что в таком сюжете злодей нередко скрывается в тени, интригуя аудиторию своей загадочной личностью и возможностями, позволяющими дергать за ниточки.