Корабельная гауптвахта организуется на корабле 1-го ранга при нахождении его в плавании или в отрыве от пункта основного базирования. Она оборудуется в соответствии с требованиями Устава гарнизонной и караульной служб ВС РФ и предназначена для содержания арестованных (заключенных под стражу) матросов и старшин своего корабля. Прием на корабельную гауптвахту арестованных матросов и старшин с других кораблей запрещается.

Корабельная гауптвахта размещается в специально оборудованном помещении без технических средств и механизмов с обязательным закрытием надежными кожухами корабельных трасс и приводов, по возможности вблизи мест общего пользования команды (туалет, умывальник) и вводится в действие приказом командира соединения после проверки ее оборудования и готовности организационных документов. Внутренний распорядок корабельной гауптвахты, порядок приема и содержания арестованных, обязанности должностных лиц устанавливаются приказом командира корабля.

Корабельная гауптвахта в период содержания в ней арестованных охраняется вооруженным вахтенным, включенным в состав корабельной вахты. Вооруженный вахтенный по охране корабельной гауптвахты вооружается штык – ножом и несет службу в соответствии с Уставом гарнизонной и караульной служб Вооруженных сил Российской Федерации с учетом особенностей корабельной организации. Обязанности выводного выполняет дежурный по низам по приказанию дежурного по кораблю.

Прием арестованных, охрану и контроль за точным соблюдением ими распорядка дня, установленного для арестованных, а также порядком их содержания осуществляет дежурный по кораблю в строгом соответствии с Уставом гарнизонной и караульной служб Вооруженных сил Российской Федерации.

За поддержание порядка на гауптвахте, обеспечение сохранности имущества и оборудования гауптвахты и правильное содержание в ней арестованных отвечает помощник командира корабля.