В 2006 году Себастьян участвует во втором сезоне европейской серии «Формулы-3». На этот раз он выступает за команду ASM, действующего чемпиона. Вместе с напарником Полом Ди Рестой они занимают места Льюиса Хэмилтона и Адриана Сутиля, которые были «повышены» до «Формулы-1». Если молодой немец хочет подтвердить свой статус главного дарования, победа обязательна. Соперничество начинается очень рано: во второй гонке первого этапа сезона в Хоккенхайме.
Феттель, стартовавший с третьего места, обходит Ди Ресту уже во втором повороте. В борьбе за первую позицию Себастьян блокирует колеса на втором круге в шпильке. Температура воздуха в 10,9 °C не способствует хорошему сцеплению резины, и он оказывается первым, кто это ощущает. Его шотландский напарник вновь вырывается вперед, но ненадолго. Два круга спустя Ди Ресту самого разворачивает на трассе, когда он слишком агрессивно атакует бордюры. Затем другой напарник Феттеля, Камуи Кобаяси, начинает преследование Себастьяна, пытаясь его обогнать, но также допускает ошибку. Несмотря на атаки француза Гийома Моро и Эстебана Геррьери, Себастьяну удается завершить 18 кругов на первой позиции. Его первая победа в европейской серии «Формулы-3» состоялась.
«Это потрясающее чувство. Трасса была очень холодной, поэтому было сложно прогреть шины. Кроме того, в самом начале гонки я, вероятно, допустил худшую блокировку колес в своей карьере» [39].
По мере развития сезона противостояние Ди Ресты и Феттеля все больше приковывает внимание паддока, ведь именно они имеют наилучшие шансы на победу в чемпионате. Каждый из них внутри команды использует свои стратегии, чтобы получить лучшие советы. Фредерик Вассер, руководитель команды, вспоминает: «Себастьян – настоящий мастер своего дела! В команде он точно знал, что и кому сказать, в зависимости от того, чего он хотел добиться. И при этом оставался в наилучших отношениях со всеми. Ему было особенно комфортно в этой среде» [40].
Политика – неотъемлемая часть автоспорта, и Феттель это хорошо усвоил.
Он входит в состав команды «Ред Булл», руководство которой может строить и разрушать карьеры одним телефонным звонком.
Это приводит Себастьяна к тому, что он в течение одного сезона задействован сразу в нескольких сериях. В июле он участвует в четырех различных гонках. Помимо двух этапов «Формулы-3», запланированных на «Брэндс-Хетче» и «Норисринге», Феттель дебютирует в «Формуле-Рено 3,5» в Мизано за команду Carlin Motorsport. В обеих гонках результаты говорят сами за себя: второе и первое места. Кроме того, что он пополняет коллекцию кубков, Себастьян демонстрирует свою универсальность.