Манифест о принятии в подданство Украины означал разрыв отношений с Польшей и начало новой русско-польской войны.
За два десятилетия, прошедших после предыдущей войны, Московия несколько окрепла, а Речь Посполитая очень ослабела.
Шляхетская республика являлась весьма непрочным государством, в котором постоянно происходили потрясения. Украинское восстание опустошило казну, набирать новую армию королю Яну-Казимиру было не на что.
Русские повели наступление сразу по трем направлениям — литовскому, белорусскому и украинскому. Небольшие крепости сдавались, неприступный Смоленск, не получив подмоги, через несколько месяцев капитулировал.
Но возникло осложнение. Поскольку Хмельницкий «передался» Москве, бывшие союзники крымцы стали считать его врагом и теперь помогали Варшаве. На южном украинском театре войны дела пошли неважно. Быстрой победы не получилось.
В следующем 1655 году русское наступление возобновилось. Получив подкрепления, армия, которую вел сам Алексей Михайлович, двигалась вперед и взяла Вильно, столицу Литвы. На Украине Хмельницкий тоже действовал успешно, он даже вторгся в собственно польские земли — взял Люблин.
Варшава запросила мира. И вновь, как век назад, Москва потребовала больше, чем могла получить. Патриарх Никон убедил царя заявить претензии на польскую корону. На такое поляки, конечно, согласиться не могли.
И здесь появился новый игрок — Швеция, опять-таки как во времена Ливонской войны.
Молодой король Карл Х решил воспользоваться тяжелым положением Варшавы и поучаствовать в разделе Польши.
Летом 1655 года шведы начали вторжение. Начался драматичный период польской истории, который потом назовут «Потоп Шведский» или просто «Потоп». Страна развалилась. Пали и Варшава, и Краков. Ян-Казимир бежал за границу.
Изменение ситуации царю и особенно патриарху не понравилось. Никон стал добиваться от своего питомца войны с Швецией, посягнувшей на земли, которые в Москве уже считали своими.
Поэтому с более слабым противником, поляками, царское правительство спешно помирилось. Белоруссию и Смоленск оставили себе, Литву вернули, а с польским троном согласились подождать, пока умрет бездетный Ян-Казимир (он был на двадцать лет старше Алексея).
Воспользовавшись тем, что в Польше ширилось антишведское восстание, весной 1656 года Москва объявила Карлу Х войну. Положение сделалось запутанным: вчерашние враги поляки теперь стали союзниками, но Хмельницкий-то с ними мириться не собирался. Он вступил в переговоры с шведами. Если бы гетман вскоре не умер, скорее всего Украина вышла бы из российского подданства. После смерти Хмельницкого там воцарился — и надолго — хаос: то перевороты, то двоевластие, то война между Правобережьем и Левобережьем.
Неладно для Москвы шла и шведская война. Противник оказался слишком сильным. Сначала русские намеревались взять Ригу и даже Стокгольм, но из этого ничего не вышло. Пришлось пятиться до самого Пскова.
Воинственности у Алексея поубавилось, чему способствовало падение агрессивного Никона. Однако истощили свои силы в борьбе с поляками и шведы.
В конце 1658 года было подписано перемирие, по которому Москва получила небольшой кусок Ливонии. Но удержать эти скромные приобретения ей не удалось.
Возобновилась русско-польская война. Теперь на волне национального возрождения, изгнав шведских оккупантов, поляки смогли взять реванш. Вместе со своими украинскими и крымскими союзниками в 1659 году под Конотопом они наголову разгромили царскую армию. После этого шведы заставили Москву переписать мир и отобрали уступленные территории назад. А тем временем война в Белоруссии и на Украине всё длилась и длилась, не принося победы ни одной из сторон.
Начались долгие, трудные переговоры, завершившиеся Андрусовским перемирием 1667 года.
Россия получила Смоленск и западнорусские области, а также Левобережную Украину. Кроме того ей оставался Киев, но временно — на два года (это условие выполнено не будет, русские из Киева не уйдут).
Однако теперь из-за Украины обострились отношения с Турцией. Правобережный украинский гетман Дорошенко в 1669 году объявил себя подданным султана, а поскольку Дорошенко считал себя правителем всей Украины, в том числе левобережной, у Константинополя возникли территориальные претензии к России.
Как раз закончилась долгая турецко-европейская война на Средиземноморье (1645-1669), и у Порты развязались руки. Начала она с Польши, которую в 1672 году победила, после чего стала готовиться к походу на Киев.
В запутанных русско-польских отношениях снова произошел резкий поворот. Общий грозный враг заставил Москву и Варшаву объединиться.
Новый польский король Ян Собеский, талантливый полководец, оттянул на себя часть турецких сил, что позволило русской армии перейти в наступление. Но оно шло вяло и вскоре остановилось.
К концу царствования Алексея Михайловича и российско-турецкий конфликт, и будущее Киева, и украинский вопрос оставались неразрешенными.