Проблемы с консервативным лобби у Столыпина обострились, когда он собрался перейти к следующему этапу аграрной реформы — политическому. Для этого нужно было усилить роль земств, основного двигателя задуманных преобразований.

Весной 1911 года премьер подготовил законопроект о введении земского устройства в западных губерниях — важном и населенном регионе, который до сих пор обходился без этого института. При этом тамошнее дворянство не должно было иметь сословных привилегий при выборах. Столыпин объяснял это сугубо имперскими соображениями — желанием ограничить засилие польского элемента, ведь западные дворяне по преимуществу принадлежали к шляхте. Однако прецедент бессословных выборов не мог впоследствии не сказаться и на выборах в остальных частях империи. Это была подготовка к тому, что в будущем представители крестьянства станут играть ведущую роль в жизни страны.

Подобная перспектива никак не устраивала приверженцев традиционного самодержавия. Законопроект набрал большинство в Думе, но был отвергнут Государственным Советом. Произошло это после того, как царь велел его членам «голосовать по совести», то есть фактически воздержался от поддержки проекта. Именно так — как высочайшее разрешение голосовать против — истолковали сановники эти слова.

Столыпин поставил царю ультиматум: если закон не будет принят, он подает в отставку. Николай уступил. Столыпин провел реформу административным порядком, без одобрения Государственного Совета. Но это была Пиррова победа. Ни высшее чиновничество, ни сам император не простили премьеру выкручивания рук.

После этого глава правительства занимал свой пост еще полгода, но его положение стало шатким.

Убийство Столыпина, произошедшее 18 сентября 1911 года, вызывало у современников подозрение: не является ли истинным организатором Охранка. Очень уж многим внутри государственного аппарата мешал этот человек, а убийца, как вскоре выяснилось, являлся секретным агентом Охранного отделения.

Споры о том, кто водил рукой стрелявшего, длятся и поныне, однако все историки согласны в том, что, если бы Столыпина не сразила пуля террориста, премьера все равно убрали бы с занимаемого поста.