12 июня 1812 года войска Наполеона вторглись в Россию. Своим маршалам он пояснял:
– Главный удар будет по Москве. Москва – это сердце России. Как только мы возьмём Москву, Россия станет на колени.
У русских на западной границе было 300 тысяч человек. Но фронт был растянут очень широко: от Чёрного моря до Балтийского. Первую армию возглавлял генерал Барклай-де-Толли, вторую – генерал Багратион. С боями они отступали. Наполеон требовал разбить их поодиночке, пока они не соединились. Но обе армии вышли к Смоленску, и сколько французы ни пытались захватить город, ничего у них не получалось. 20 тысяч человек потерял противник у стен Смоленска. И всё же Барклай-де-Толли, опасаясь попасть в окружение, приказал оставить Смоленск.
Кутузова война застала в поместье Горошки. В Петербург никто его не вызывал, но он сам не откладывая приехал в столицу.
Когда императору доложили об этом, он спросил:
– Чем же занимается генерал Голенищев-Кутузов?
– Собирает дружины ополченцев. Обучает их военному делу.
– Что ж, похвально, – слегка усмехнулся царь. – Для генерала весьма похвально.
А Михаил Илларионович не видел ничего зазорного в том, что ему, прославленному полководцу, человеку пожилому, приходится учить не нюхавших пороху горожан боевой подготовке. И ополченцы под руководством Кутузова узнавали, как заряжать ружьё, как стрелять и действовать штыком, как не терять друг друга в рассыпном строю.
А враг всё ближе и ближе продвигался к Москве. Русская армия отступала. Генерала Барклая-де-Толли кое-кто уже обзывал «Болтай Да Только». В военных кругах и Петербурге назревало недовольство. Повсюду считали, что армией должен командовать Кутузов. Но царь вначале и слышать не хотел об этом. Своей сестре он писал, что был против того, чтобы «старик Кутузов стал главнокомандующим», но когда губернатор Москвы «сообщил мне, что вся Москва желает, чтобы Кутузов командовал армией – мне оставалось только уступить единодушному желанию, и я назначил Кутузова. Я должен был остановить свой выбор на том, на кого указывал общий глаз».
В армию Михаил Илларионович прибыл 17 августа. Солдаты восприняли это с радостью. Говорили:
– Пришёл Кутузов бить французов.
И тем не менее главнокомандующий одобрил действия Барклая. По приказу Кутузова русские войска вновь отступили. Он видел, армия устала от постоянных переходов и боёв, нуждалась в пополнении и отдыхе. Но пополнение не поступало, об отдыхе нельзя было и мечтать. А из Петербурга каждый день прибывали курьеры: царь настаивал на скорейшей битве.

Местом для решающего сражения Кутузов выбрал поле близ села Бородино. Позиция оказалась очень удобной. Одна сторона прикрывалась рекой Москвой, другая – оврагами и полосой леса, что не давало возможности противнику зайти сбоку. В центре поля была небольшая возвышенность, на которой Кутузов расставил пушки – батарею Н. Н. Раевского.
Битва началась 7 сентября в 5 часов утра с атаки французов на левое крыло, где держала оборону армия Багратиона. Прорваться они не смогли, отступили, оставив на поле много убитых. После этого Наполеон направил удар по центру на батарею Раевского. Бой здесь длился три часа. Шесть раз батарея переходила из рук в руки. Французы понесли огромные потери. Кутузов в это время посылает в тыл к ним конницу генерала Ф. П. Уварова и казаков атамана М. И. Платова, чтобы отвлечь противника. На некоторое время это облегчает положение русских, но затем Наполеон вновь бросает своих солдат в центр, где стойко держится батарея – опора кутузовской армии.
Геройски держались и солдаты, и высшие командиры. Михаил Илларионович так сказал о Раевском: «…храбрый и достойный генерал, он с отличным мужеством отражал неприятеля». Один из участников сражения вспоминал: «Чугун дробил, но не колебал груди русских, лично оживляемых присутствием Барклая-де-Толли. Вряд ли оставалось в центре опасное место, где б он не распоряжался и где бы был полк, не ободрённый словами и примером его. Под ним убито пять лошадей».
Во время восьмой атаки на левое крыло был смертельно ранен князь Багратион. Его заменил генерал Д. С. Дохтуров, который, как сказал Кутузов, «с прибытием на место не потерял ни шагу принятой позиции».

Наполеон позже признался: «Из всех моих сражений самое ужасное то, что я дал под Москвой. Французы показали себя в нём достойными одержать победу, а русские – называться непобедимыми». Его армия потеряла почти половину состава – 50 тысяч солдат и офицеров. Потери русских – 40 тысяч человек. Но к Наполеону вот-вот должны были подойти свежие силы. Кутузов рассчитывать на скорое пополнение своих войск не мог. Поэтому, чтобы сохранить армию, он дал приказ отойти от Бородина. На военном совете в Филях – рядом с Москвой – Кутузов сказал, что решил сдать Москву без боя. У большинства генералов было другое мнение: город нужно защищать. Тогда Михаил Илларионович, получивший за Бородино чин фельдмаршала, пояснил:
– С потерей Москвы не потеряна Россия. Наша первая задача – получить подкрепление, а затем уже мы устроим погибель неприятелю.
Оставив Москву, русская армия перешла на Калужскую дорогу и стала лагерем близ села Тарутино. Пока французы грабили и разоряли Москву, в которой начались пожары, армия Кутузова накапливала силы. Создавались новые полки – пехотные, кавалерийские. Вскоре у фельдмаршала под рукой было уже 120 тысяч воинов.